Ideelle organisasjoner og foreninger omfatter veldedige og allmennyttige institusjoner som omhandlet i § 3-12, for eksempel humanitære og religiøse organisasjoner/foreninger, idrettsforeninger, musikkorps og lignende. Men også andre organisasjoner og foreninger, som for eksempel politiske partier, fagorganisasjoner og yrkesorganisasjoner, er omfattet av unntaket.

Organisasjoner og foreninger som bare har til formål å skaffe medlemmene økonomiske fordeler, anses ikke som en ideell organisasjon eller forening etter denne bestemmelsen. Rabattklubb  Et eksempel på dette kan være en rabattklubb hvor medlemskap gir rett til rabatt på visse varer og tjenester. Når en slik rabattforening ikke har noe annet formål av ideell karakter, faller den utenfor unntaket.

Bestemmelsens første ledd unntar ideelle organisasjoner og foreningers omsetning av varer og tjenester når betaling skjer i form av medlemskontingent. Begrunnelsen er avgiftstekniske hensyn. Det kan være vanskelig i det enkelte tilfelle å avgjøre hvorvidt medlemskontingenten kan anses som vederlag for en vare eller tjeneste (omsetning), og om leveransen er skjedd i næring. Det er en forutsetning at kontingenten dekker ytelser som er ledd i organisasjonens ideelle virksomhet. Skattedirektoratet antar at en generell ivaretakelse av medlemmenes økonomiske og andre interesser, er å anse som ideell virksomhet. Som eksempel på ideell virksomhet kan nevnes arbeid mot media, politikere, forvaltning og embetsverk. Organisasjonen driver lobbyvirksomhet, er premissleverandør og opinionsskaper osv. Hvis kontingenten dekker annet tilbud og omfatter tjenester som ellers er avgiftspliktige, skal dette avgiftsberegnes. I Ot.prp. nr. 2 (2000–2001) punkt 7.2.8.5 nevnes som eksempel at medlemskontingenter til bransjeorganisasjoner som driver felles markedsføring for medlemmene, må anses som vederlag for avgiftspliktige tjenester. Samme synspunkter er gjentatt i Skattedirektoratets fellesskriv 17. april 2018. Det er dermed ikke adgang til å kamuflere en avgiftspliktig omsetning som en kontingent. Situasjonen kan imidlertid være motsatt, at en ideell organisasjon/forening pga. fradragsretten ønsker å være avgiftspliktig for deler av sin virksomhet som drives i konkurranse med andre aktører i markedet. Sivilombudet har i en uttalelse 12. juni 2017 sak 2017/560, i samsvar med Skattedirektoratets uttalte syn, lagt til grunn at en såkalt serviceavgift som kom i tillegg til medlemskontingenten kunne anses som omsetning utenfor organisasjonens ideelle virksomhet. Selv om serviceavgiften var fastsatt på årsmøtet og hadde et sjablonmessig preg slik at tilknytningen mellom ytelse og motytelse var svakere enn ved tradisjonell omsetning av den aktuelle typen tjenester (workshops, konferanser med videre), forelå etter Sivilombudets syn en tilstrekkelig sammenheng mellom vederlaget som medlemsbedriftene ytet, og de tjenestene som ble mottatt. Til spørsmålet om tjenestene var omsatt som ledd i organisasjonens ideelle virksomhet, ble det uttalt at tjenestene som var omfattet av serviceavgiften hadde et klart kommersielt preg og like gjerne kunne vært utført av eksterne aktører. Det ble ikke tillagt særlig betydning at flere av tjenestene bar preg av fellestjenester. Skatteklagenemnda, stor avdeling 01 NS 64/2018 har i omgjøringsvedtak 24. mai 2018 sluttet seg til Sivilombudets uttalelse.

Organisasjonen/foreningen må selv sørge for å bli registrert for sin avgiftspliktige omsetning og avgiftsberegne de deler av vederlaget fra medlemmene som skal dekke de avgiftspliktige ytelsene. En rekke organisasjoner og foreninger tilbyr ekstra medlemsfordeler som ledd i å tiltrekke seg medlemmer. Dersom dette omfatter ytelser utenfor organisasjonens ideelle virksomhet, må det vurderes om medlemsfordelene innebærer at det skjer en omsetning i merverdiavgiftslovens forstand. Organisasjoner og foreninger som har forhandlet frem rabattordninger til sine medlemmer ved kjøp av varer og tjenester fra næringsdrivende har ikke blitt ansett å omsette tjenester til medlemmene. Dersom medlemskapet gir «gratisytelser» i form av avgiftspliktige varer eller tjenester kan dette i utgangspunktet stille seg annerledes, og medlemskontingenten vil kunne anses delvis som vederlag for ytelsene og utløse avgiftsplikt. Det vises også til tredje ledd hvor departementet er gitt hjemmel til å fastsette forskrift om avgiftsplikt dersom unntaket medfører konkurransevridninger.

Ved lov 25. juni 2010 nr. 32, som trådte i kraft 1. juli 2010, ble det foretatt en rekke endringer i merverdiavgiftsreglene på kultur- og idrettsområdet. Se Prop. 119 LS (2009–2010). Endringene innebar bl.a. at det ble innført avgiftsplikt for rett til å overvære idrettsarrangementer for mer profesjonelle aktører med stor publikumstilstrømning og store billettinntekter. Det vises til §§  5-11, 3-8 første ledd og 2-1 annet ledd. Endringene nødvendiggjorde en begrensning i unntaket for medlemskontingenter i § 3-13 første ledd. Begrensningen ble innarbeidet som nytt tredje punktum. Det vises til Prop. 119 LS (2009–2010) avsnitt 7.2.3.6. Siden avgiftsplikten for tjenester som gjelder adgang til idrettsarrangementer er begrenset til de mest kommersielle aktørene, vil begrensningen og dermed avgiftsplikten, kun gjelde organisasjoner og foreninger i denne kategori. Departementet la derfor til grunn at begrensningen vil få et snevert virkeområde. Avgiftsplikten gjelder rett til å overvære idrettsarrangementer. Dette innebærer at det skal beregnes avgift av medlemskontingenten uavhengig av om medlemmet benytter seg av retten eller ikke. Avgiftsplikten for tjenester som gir rett til å overvære idrettsarrangementer, omtales i M-5-11.

En ideell organisasjon delte ut tidsskrifter til sine medlemmer. Foreningens medlemmer betalte ikke særskilt vederlag, men den årlige kontingenten ga rett til å motta tidsskriftet. Det ble reist spørsmål om omsetningen var omfattet av unntaket for medlemskontingent eller fritaket for tidsskrifter. Departementet uttalte i brev av 27. mars 2007 til direktoratet at i den grad omsetningen av et tidsskrift både omfattes av kontingentunntaket og av tidsskriftfritaket, må førstnevnte unntak tolkes innskrenkende (F 12. april 2007). Det vises til fritaket for omsetning av tidsskrift i § 6-3.