Det stilles krav om revisors attestasjon av kostnadene og bekreftelse av opplysningene om offentlig støtte. Dette gjelder uavhengig av om skattyter er revisjonspliktig eller ikke. Reglene om revisors uavhengighet gjelder også ved attestasjon av Skattefunn-kostnader, og revisor kan derfor ikke både utføre regnskapsføringen og attestasjonen for det samme prosjektet. Det kan ikke medregnes kostnader som revisor har tatt forbehold om, for eksempel prosjektets arbeidstimer og driftskostnaders tilhørighet til prosjektet.

Skattemyndighetene får underretning fra Norges forskningsråd om godkjente prosjekter, prosjekter med forlenget godkjenningsperiode og inndragning av prosjektgodkjenninger. I praksis har det vist seg å være mange tilfeller av feil bruk av prosjektnummer (ugyldige prosjektnummer, prosjektnummer som er knyttet til andre organisasjonsnummer osv.). Slike feil kan føre til forsinket fradrag/utbetaling eller at foretaket ikke får Skattefunnfradrag.

Det skal føres eget regnskap for prosjektet som viser medgåtte timer for FoU-personale (det vil si prosjektleder, vitenskapelig og teknisk personell) fordelt per person og andre prosjektrelaterte kostnader, jf. FSFIN § 16‑40‑8. Timeregnskapet skal vise dato, antall timer per dag og kort angi hvilke arbeidsoppgaver som er utført. Prosjektansvarlig og ansatte som jobber på FoU-prosjektet skal signere timelistene løpende og minst hvert kvartal. Signeringen kan skje digitalt dersom det kan kontrolleres at signeringen er utført av den aktuelle medarbeideren. Prosjektregnskapet skal på oppfordring fremlegges for skattemyndighetene. SKD og forskningsrådet har utarbeidet en mal for føring av prosjektregnskap som kan benyttes. Malen ligger på www.skattefunn.no.

Dersom det kreves fradrag for FoU kjøpt fra nærstående underleverandør for over kr 100 000 eks. mva, skal også underleverandøren utarbeide prosjektregnskap. Om hva som menes med nærstående, se pkt. 6.6.