Hvorvidt et forvaltningsorgan er uavhengig beror på om overordnede myndigheter i forkant kan instruere organet om hvordan det skal behandle saker, og om organets avgjørelser kan omgjøres i etterkant. Bestemmelsen slår fast at verken departementet, Skattedirektoratet, skattekontoret eller Oljeskattekontoret kan instruere nemndene, verken generelt eller i enkeltsaker. Sekretariatet for Skatteklagenemnda kan heller ikke instrueres. Det er også lovfestet at verken departementet, Skattedirektoratet, skattekontoret eller Oljeskattekontoret kan endre vedtak fra nemndene, bortsett fra når endringen følger av en domstolsavgjørelse eller avtale med fremmed stat om forebygging av dobbeltbeskatning. Reglene om nemndenes uavhengighet er en videreføring av ligningsloven § 2‑4 a som kom inn med virkning fra 1. juli 2016.