En saksbehandler plikter selv å avgjøre om han er inhabil. I de tilfellene saksbehandleren finner grunn til det, skal spørsmålet om inhabilitet forelegges nærmeste overordnede. Selv om den skattepliktige ikke har bedt om en vurdering av saksbehandlerens habilitet, bør saksbehandleren legge frem spørsmålet for sine overordnede dersom han/hun mener at det kan være tvil om dette. En slik avklaring kan bidra til at man unngår at det blir stilt spørsmål ved gyldigheten av avgjørelsen. Hvis den saken angår krever det, skal det samme gjøres dersom dette kan skje uten vesentlig tidsspille. Overordnet tjenestemann kan instruere underordnet i habilitetsspørsmål.

Ved uenighet kan overordnet tjenestemann instruere underordnet, selv om ordlyden i bestemmelsen kan tilsi det motsatte. Dette følger av alminnelig instruksjonsmyndighet og at ingen som vurderes som inhabil skal delta i saken ved «tilrettelegging av grunnlaget» eller ved «avgjørelse» etter lovens§ 4‑1 Habilitet.

En avgjørelse av hvorvidt en tjenestemann er inhabil er en prosessledende beslutning, og ikke et enkeltvedtak. Dette innebærer at ikke alle saksbehandlingsreglene i skatteforvaltningsloven kapittel 5 kommer til anvendelse. Bestemmelsene i§ 5‑6 Forhåndsvarsling, § 5‑7 Begrunnelse og reglene iKapittel 13 Klage, gjelder for eksempel ikke.