Etter FMVA § 10-3-2 første og annet ledd skal søknaden, sammen med en oversikt over salgsdokumentene, sendes skattekontoret. Søknad skal sendes kvartalsvis og senest seks måneder etter utløpet av det året kjøpet ble foretatt. Kopier av salgsdokumenter skal ikke vedlegges søknaden, men disse må oppbevares i minst tre år fra utløpet av det enkelte kvartal.

Søknaden fra EUMETSAT skal sendes gjennom Meteorologisk institutt, jf. FMVA § 10-3-2 tredje ledd.

Næringsdrivende o.a. som på vegne av ESA anskaffer varer og tjenester til aktuelle forskningsprosjekter, skal sende søknad om refusjon gjennom Norsk Romsenter, jf. FMVA § 10-3-2 fjerde ledd.

Etter FMVA § 10-3-2 femte ledd skal søknad om refusjon av merverdiavgift fra EISCAT-prosjektet sende gjennom Norges forskningsråd.

Det er Skatteetatens kontor i Moss som håndterer refusjonsordningen.