Mval. § 2-2 annet ledd er et unntak fra hovedregelen om at flere virksomheter som drives av samme eier, skal registreres som ett avgiftssubjekt. Bestemmelsen angir at deler av et avgiftssubjekt kan registreres særskilt som et eget avgiftssubjekt i Merverdiavgiftsregisteret. Adgangen til særskilt registrering omfatter avgiftssubjekter generelt. Den tidligere presiseringen i § 12 annet ledd annet punktum om at dette også gjelder for offentlige virksomheter er derfor ansett overflødig. Dette betyr for praktiske formål at dersom for eksempel en kommune ønsker at en kommunal virksomhet som er registrert etter § 2-1 første ledd skal registreres særskilt, må kommunen søke skattekontoret om slik registrering etter § 2-2 annet ledd.

Dersom en virksomhet ønsker særskilt registrering, må det sendes inn søknad. Dette følger av § 2-2 annet ledd annet punktum hvor det framgår at skattekontoret skal vurdere om slik registrering skal tillates.

Dersom særskilt regnskap føres for noen enkelt virksomhet som nevnt i § 2-2 første ledd, kan avgiftsmyndighetene bestemme at denne delen av virksomheten skal anses som én særskilt virksomhet. Slik særskilt registrering kan være aktuelt når en avgiftspliktig samtidig driver en virksomhet som ikke omfattes av avgiftsplikten.

Det er et ufravikelig vilkår etter § 2-2 annet ledd siste punktum at det føres særskilt regnskap «for den utskilte delen». Skattedirektoratet legger til grunn at det ikke vil være tilstrekkelig for særskilt registrering at det utarbeides et eget regnskap for en del av virksomheten dersom virksomheten for øvrig verken fysisk eller organisatorisk er skilt ut.

Avgiftsmyndighetene stiller i praksis strenge krav til virksomhetens fysiske og formelle atskillelse for å kunne innvilge særskilt registrering. Foruten kravet om særskilt regnskap, kan blant annet følgende forhold vektlegges:

• særskilte varekjøp
• særskilte varelagre
• egne ansatte
• atskilte tilberedningslokaler.

§ 2-2 annet ledd kan også komme til anvendelse på aksjeselskaper som driver flere avdelinger/divisjoner dersom særskilt registrering kreves av avgiftspliktige og vilkårene om særskilt regnskap mv. er oppfylt. Det er opp til skattekontoret å vurdere om særskilt registrering kan godtas. Ved særskilt registrering vil hver virksomhet måtte behandles selvstendig i forhold til avgiftsreglene. Dette innebærer at det skal beregnes avgift ved omsetning mellom virksomhetene.

Registreringsforholdene for kommunale havner er spesielt omtalt i F 5. mars 2007. Et kommunalt foretak (KF) er en del av kommunen, og ikke et eget rettssubjekt. En kommunal havn organisert som et KF vil i utgangspunktet fortsatt være registrert sammen med kommunen med kommunen som avgiftssubjekt. Det er imidlertid adgang til å søke om særskilt registrering etter § 2-2 annet ledd. Når det gjelder interkommunale sammenslutninger, kan disse registreres særskilt dersom de er egne subjekter i Enhetsregisteret. Havner som drives som interkommunalt samarbeid uten å være eget subjekt i Enhetsregisteret, skal behandles som en del av kommunen, dvs. at merverdiavgift oppkreves av den kommunen som blir valgt som ansvarlig. Unntaksvis kan det tenkes at interkommunalt samarbeid som ikke registreres som interkommunalt selskap (IKS) kan bli registrert i Enhetsregisteret som «Forening, lag, innretning» (FLI). Skattekontoret bør ved usikkerhet rundt registreringsstatus for et FLI ta kontakt med Enhetsregisteret.

Enkelte virksomheter holder lager av varer hvor den fremtidige bruk av varene til forskjellige typer bruk kan være meget usikker på anskaffelsestidspunktet. Dersom det føres særskilt regnskap for et slikt felleslager, kan det være mulig å få lageret registrert særskilt som egen omsetningsvirksomhet.

Forskjellige spørsmål vedrørende den avgiftsmessige behandling av felleslagre er inntatt i R 12 av 19. desember 1970, Av 18/79 av 5. september 1979, Av 4/80 av 28. mars 1980 nr. 10 og Av 18/84 av 5. juli 1984 nr. 12.

Skattedirektoratet har i et brev til et fylkesskattekontor den 13. februar 1985 gitt en avgiftsmessig vurdering av mulighetene for at en bedriftskantine (som ikke har fradragsrett for inngående avgift) kan oppnå særskilt registrering i forhold til den øvrige cateringvirksomheten. Det kan ikke settes som vilkår for utskillelse av deler av en virksomhet at den utskilte del driver avgiftspliktig virksomhet.

Skattedirektoratet avslo i brev av 10. november 2011 søknad om særskilt registrering av et universitets bidrags- og oppdragsforskning som et eget subjekt, da denne forskningsvirksomheten ikke var skilt ut i tilstrekkelig grad. Det ble videre uttalt at selv med en særskilt registrering for bidrags- og oppdragsforskningen, ville det ikke være fradragsrett for anskaffede driftsmidler da § 8-2 annet ledd kun gir fradrag for anskaffelser av varer og tjenester som omsettes til andre.

Skattedirektoratet uttalte 23. mars 2004 til et advokatfirma at selskaper som er fellesregistrert, ikke kan skille ut en del av virksomheten som en særskilt avgiftspliktig. Dette antas å følge av at hensikten med unntaksbestemmelsene i paragrafens annet og tredje ledd ikke kan ha vært at disse skal kunne anvendes i kombinasjon.

Etter § 2-2 annet ledd kan organisasjoner som er delt opp i underavdelinger søke skattekontoret om at hver av gruppene blir vurdert som selvstendige avgiftssubjekt i forhold til spørsmålet om næringsdrift og registreringsplikt.

Innføringen av registrerings- og avgiftsplikt på tjenester som gjelder retten til å overvære idrettsarrangementer, jf. § 2-1 annet ledd, innebærer ingen endring i avgiftsmyndighetenes praksis for søknader om særskilt registrering. Dette betyr at idrettslag mv. med selvstendige undergrupper fremdeles kan søke skattekontoret om registrering som egne avgiftssubjekter.

I et idrettslag har for eksempel fotballgruppen omsetning over 140 000 kroner, og skal dermed registreres i Merverdiavgiftsregisteret. Håndballgruppen i det samme idrettslaget har omsetning under registreringsgrensen på 140 000 kroner, og kan dermed unnlates registrert. Resultatet kan også bli at ingen av gruppene blir registrert, fordi ingen av dem isolert har omsetning over 140 000 kroner.

Vilkårene for en slik deling av organisasjonen i flere avgifts- og registreringssubjekter er at hver av gruppene:

• fører egne regnskaper
• har egne styrer og
• avholder egne årsmøter, som ikke nødvendigvis må avholdes på en annen dag enn hovedlagets.

Det er ikke noe vilkår om at undergrupper tilsluttet for eksempel Norges Idrettsforbund i tillegg må være medlem av et særforbund for å kunne skilles ut som egne avgiftssubjekter, jf. Finansdepartementets brev av 30. september 1998 til Kulturdepartementet (Av 6/93 av 19. mars 1993 og Av 8/98 av 2. november 1998). Det er ikke anledning til å splitte opp fotballgruppen i enkeltlag som juniorlag, guttelag mv. Undergruppenes virksomhet kan heller ikke deles opp etter bransje som kioskvirksomhet, flyttevirksomhet, malervirksomhet mv. Videre vil foreldreforeninger, supporterklubber og lignende som ikke er organisert som selvstendige rettssubjekter, regnes som en del av organisasjonen eller gruppen. Disse kan derfor ikke registreres som særskilte undergrupper.