Mottar skattyter annen offentlig støtte i tillegg til skattefradrag etter Skattefunn-reglene, må summen av den offentlige støtten til prosjektet ikke overstige høyeste samlede tillatte støtteintensitet, jf. FSFIN § 16‑40‑6 syvende ledd. Den tillatte støtteintensiteten er regulert i EU Kommisjonens forordning nr. 651/2014 av 17. juni 2014 om visse kategorier av støttes forenlighet med det indre marked i henhold til traktatens artikkel 107 og 108, artikkel 8 om kumulering jf. artikkel 25 om støtte til forsknings- og utviklingsprosjekter. Artikkel 4 inneholder ytterligere begrensninger, men beløpsgrensene i artikkel 4 er så høye at disse begrensningene kun er aktuelle for veldig store prosjekter (den laveste terskelen overskrides først dersom støttebeløpet overstiger EUR 15 millioner).

Som følge av at det er EU-reglene som setter grenser for hvor stor samlet offentlig støtte man kan motta er det EU-reglenes definisjon av f.eks. personalkostnader som skal legges til grunn ved beregningen av den maksimalt tillatte støtteintensitet, og ikke de norske sjablongreglene om personalkostnader innenfor Skattefunn-ordningen. Den maksimalt tillatte støtteintensitet man kommer fram til etter EU-reglene må deretter sammenholdes med den faktiske støtte som blir gitt i hvert tilfelle. Dersom den samlede offentlige støtten til prosjektet overstiger høyeste tillatte samlede støtte, reduseres skattefradraget krone for krone.

Som annen offentlig støtte regnes finansiell bistand fra offentlige virkemidler (Innovasjon Norge, Forskningsrådet, kommunale/fylkeskommunale næringsfond el.), visse typer støtte fra Den Europeiske Union (EU) og differensiert arbeidsgiveravgift, jf. FSFIN § 16‑40‑6 syvende ledd. Også bagatellmessig støtte som gis i henhold til EUs forordning 1407/2013 anses som annen offentlig støtte i denne sammenheng, og må tas med i beregningen av samlet offentlig støtte dersom den bagatellmessige støtten helt eller delvis er gitt for det samme prosjektet som blir støttet etter Skattefunn-reglene.

Grensene for statsstøtte beregnes etter EU-reglene brutto (før skatt). Når støtte gis i form av et skattefradrag, innebærer dette nettostøtte siden skattefradraget ikke anses som skattepliktig virksomhetsinntekt. Skattefradraget må derfor regnes om til et bruttobeløp. For upersonlige skattytere som har en skattesats på 22 % gjøres dette ved å dividere skattefradraget med 0,78. For skattytere som har skattesats høyere enn 22 %, må den aktuelle skattesatsen legges til grunn ved omregningen.

Maksimal offentlig støtteandel til FoU-prosjekter i henhold til EU-reglene:

EU-reglene for statsstøtte angir at støtteintensiteten kan være 50 % for industriell forskning («industrial research») og 25 % for forsknings/utviklingsarbeid («experimental development»). Disse støtteintensitetene kan økes i særskilte tilfeller, listet opp i retningslinjene, men støtteintensiteten kan ikke være høyere enn makssatsene i tabellen ovenfor. For det første kan støtteintensiteten økes med 10 % for mellomstore bedrifter og med 20 % for små bedrifter. Videre kan støtteintensiteten økes med 15 % dersom prosjektets resultater formidles bredt gjennom konferanser, publikasjoner, gratis software m.m. Støtteintensiteten kan også økes med 15 % for følgende type samarbeidsprosjekter:

1. Samarbeidsprosjekter der minst to av partene er hjemmehørende innenfor EØS, minst en av partene anses som en SMB og ingen av virksomhetene hefter for mer enn 70 % av kostnadene i prosjektet.
2. Samarbeid mellom virksomheter der minst to av partene er hjemmehørende i ulike EØS-stater og ingen av virksomhetene hefter for mer enn 70 % av kostnadene i prosjektet.
3. Samarbeid med FoU-institusjon der sistnevnte tar minst 10 % av prosjektkostnadene og har rett til å publisere egne resultater fra prosjektet.

Nærmere om dette i retningslinjene for statsstøtte som ligger på http://publications.europa.eu.

Hvorvidt prosjektet er definert som industriell forskning eller prekompetitiv utvikling/forsknings-/utviklingsarbeid («experimental development») fremgår av godkjenningsbrevet fra Norges forskningsråd.

Vurderingen av om prosjektet overstiger grensene for samlet offentlig støtte vurderes for hele prosjektperioden under ett. Foretak som har fått godkjent et flerårig prosjekt (2, 3 eller 4 år) skal bare fylle ut post 208 i RF-1053 (som angir hvilket beløp skattefradraget må reduseres med for å ligge innenfor maksimal tillatt statsstøtte) i prosjektets siste år. Dersom prosjektet forlenges ved ny søknad til Forskningsrådet skal prosjektet i denne sammenheng ses på som to prosjekter med hver sin vurdering av samlet offentlig støtte.

Dersom det er aktuelt å benytte reglene for SMB, se pkt. 10, må det vurderes om skattyteren skal anses som SMB for hele prosjektperioden. Med grunnlag i Gruppeunntaksforordningen bilag 1, artikkel 4 har EU-kommisjonen utarbeidet følgende veiledning til SMB-definisjonen:

For å unngå at virksomheter stadig går fra å være innenfor til å være utenfor SMB-definisjonen og omvendt, må virksomheten oppfylle de samme vilkårene i to påfølgende år for at virksomheten skal endre klassifisering. Dette ser man tydelig ved å sammenholde rad 1 og rad 4 i tabellen ovenfor.

Dersom skattyter har mottatt annen offentlig støtte til dekning av de samme støtteberettigede kostnadene, må det vurderes om Skattefunn-støtten må avkortes for at maksimal tillatt støtteintensitet ikke skal bli overskredet. Hvis den andre støtten er mottatt i forbindelse med at skattyter deltar i et samarbeidsprosjekt som har fått offentlig støtte, kan prosjektstøtten i sin helhet være utbetalt til en prosjektansvarlig, som skal fordele den mellom samarbeidspartnerne. Det må da være avtaleregulert hvilke prosjektkostnader hver enkelt partner har og hvor mye støtte de mottar til dekning av disse, slik at skattyter kan dokumentere støtten.