I fellesskrivet av 29. september 2011 ble det som et klart utgangspunkt lagt til grunn at det ikke er adgang til å gi tilbakegående avgiftsoppgjør til en fellesregistrert enhet for anskaffelser foretatt av noen av de deltakende selskaper, hvor en eller flere av deltakerne i fellesregistreringen er ordinært registrert avgiftssubjekt forut for fellesregistreringen. Der fellesregistreringen er førstegangsregistreringen, dvs. at ingen av deltakerne er registrert fra før, ble det lagt til grunn at det etter en konkret vurdering kunne gis adgang til å fradragsføre inngående merverdiavgift.

Etter mval. § 2-2 tredje ledd kan to eller flere samarbeidende selskaper registreres som ett avgiftssubjekt dersom minst 85 prosent av kapitalen i hvert selskap eies av ett eller flere av de samarbeidende selskapene. Alle deltakende selskaper i en fellesregistrering er solidarisk ansvarlig for betaling av merverdiavgift. Virkningstidspunktet for fellesregistreringen er nærmere regulert i mval. § 14-1 tredje ledd, hvor det fremgår at fellesregistrering tidligst kan skje fra den terminen elektronisk søknad ble loggført som godkjent eller den terminen papirsøknaden ble postlagt.  

Formålet med en fellesregistrering er at merverdiavgiftsreglene skal virke nøytralt uavhengig av om en virksomhet er organisert som ett selskap eller som et konsern bestående av flere selskaper. Fellesregistrering innebærer eksempelvis at dersom et konsern er organisert i et eiendomssselskap uten fradragsrett og et avgiftspliktig selskap som benytter seg av eiendomsselskapets driftsmidler, oppnås fradragsrett for driftsselskapet driftsmidler (bygg) som er til bruk for det avgiftspliktige selskap. Ett annet eksempel er et konsernselskap som omsetter avgiftspliktige administrasjonstjenester bl.a til et konsernselskap som driver virksomhet utenfor loven. En konsekvens er at fellesregistrering vil innebære at selskapet slipper å beregne utgående merverdiavgift av sine vederlag til konsernselskapet siden vederlaget ikke anses som omsetning mellom to subjekter.  

Fellesregistreringen innebærer at fradraget som oppnås i eksempel 1 eller at man slipper å beregne utgående merverdiavgift til sitt konsernselskap i eksempel 2, først inntrer fra registreringsterminen. De avgiftsmessige konsekvenser av at selskapene blir ansett som ett avgiftssubjekt inntrer altså fra fellesregistreringens virkningstidspunkt. 

Fellesregistrering innebærer derimot ikke tap av fradrag dersom tidligere anskaffelser knytter seg til ett av selskapenes avgiftspliktige omsetning forut for fellesregistreringen. Det kan eksempelvis tenkes at et selskap som omfattes av fellesregistreringen har foretatt for liten fradragsføring av inngående merverdiavgift pådratt forut for fellesregistreringen. Tidligere omsetningsoppgaver må her kunne korrigeres etter fellesregistreringen. Slik korreksjon må ikke blandes sammen med virkningene av fellesregisteringen mellom flere selskap, slik som vi har gitt eksempler på ovenfor. 

Hensikten med fellesregistrering er økt nøytralitet i valg av konsernselskapers organisering, og ikke avskjæring av deltakende selskapers fradragsrett. En annen sak er at bruken av driftsmidler kan endres etter fellesregistreringen og derav redusere fradragsrett slik som i eksempel 2. Et selskap som før fellesregistreringen kun omsetter avgiftspliktige administrasjonstjenester må, som følge av fellesregistreringen anses å anskaffe varer eller tjenester til bruk for den (felles)registrerte enhetens virksomhet utenfor loven.

For tilbakegående avgiftsopgjør legger vi tilsvarende til grunn. Det kan innrømmes tilbakegående avgiftsoppgjør på et selskaps anskaffelser forut for inntreden i en fellesregistrering selv om andre deltakende selskaper i fellesregistreringen var registrert fra før i Merverdiavgiftsregisteret. Det forutsettes at vilkårene for øvrig er oppfylt i mval. § 8-6, blant annet at anskaffelsene har direkte sammenheng med omsetning i registrert virksomhet.