Det følger av § 1‑3 at forvaltningsloven ikke gjelder for behandlingen av saker etter loven. Det er likevel klart at når skatteforvaltningsloven blir anvendt, kan det bli lagt vekt både på prinsipper som kommer til uttrykk i forvaltningsloven og andre alminnelige forvaltningsrettslige prinsipper. I § 12‑11 fjerde ledd, som gjelder myndighetenes endringsadgang, er det også vist til alminnelige forvaltningsrettslige regler.