Ved deltakelse i visse typer fiske holder mannskapet hver sin del av fiskeredskapene og det tas hensyn til redskapsholdet ved fastsettelsen av mannskapslotten. Lottfiskerne har ingen egen omsetning når det er rederen eller høvedsmannen som forestår levering av fangsten og mottar oppgjør fra fiskekjøper. Lottfiskere som deltar i slikt fiske kan imidlertid få refundert merverdiavgift som er betalt ved kjøp eller leie av fiskeredskapene. Rederen eller høvedsmannen vil være ordinært registrert etter merverdiavgiftsloven § 2-5.

Det er ingen beløpsgrense for å kunne søke refusjon. At også leie omfattes av refusjonsordningen, ble presisert i lovteksten ved lovendring 25. juni 2010. Dette fulgte for øvrig av langvarig forvaltningspraksis. I FMVA § 10-6-1 fastsettes at det er et vilkår for refusjon at lottfiskeren er registrert i Merverdiavgiftsregisteret. Dette er en rent praktisk registrering for utbetaling av merverdiavgift og medfører ikke at lottfiskeren er avgiftspliktig for eventuell annen omsetning. Lottfiskere som også har avgiftspliktig omsetning må søke skattekontoret om registrering etter de alminnelige regler, jf. merverdiavgiftsloven § 14-1.

Søknad om refusjon sendes skattekontoret på eget skjema (RF-0037) sammen med salgsdokument som dokumenterer kjøp eller leie av fiskeredskap, jf. FMVA § 10-6-2. Søknad må fremsettes etter utløpet av det kvartal kjøpet har funnet sted og senest innen tre år etter kjøpet.

Skatteetaten er i ferd med å utvikle et nytt IT-system for merverdiavgift, og som følge av dette ventes endringer i håndteringen av disse sakene de kommende årene.