Ved omsetning av annet enn viltlevende marine ressurser, og ved omsetning til eller gjennom andre enn fiskesalgslag som er opprettet i medhold av fiskesalgslagsloven, skal det beregnes avgift i henhold til de alminnelige reglene i merverdiavgiftsloven, dvs. 0 % ved eksportsalg (se § 6-21), 15 % ved salg av fisk som næringsmiddel (se § 5-2) og 25 % ved salg av fisk som f.eks. dyrefôr. Det samme gjelder ved omsetning til fiskesalgslag som ikke skal videreselge fisken direkte, jf. vilkåret i fiskesalgslagsloven om omsetning i første hånd.

Ved såkalt kaisalg, dvs. at fisker selger direkte til forbruker ved kai, skal det således svares 15 % merverdiavgift, siden salg til forbruker ikke kommer inn under reglene om førstehåndsomsetning til eller gjennom fiskesalgslag i § 5-8. Her skriver fisker sluttseddel på salget. Det er faktisk oppnådd pris betalt av forbruker, ekskl. merverdiavgift, som medtas på sluttseddel, og denne kan ikke være under minstepris.

Ved omsetning som gjelder salg eller utleie av driftsmidler, skal fiskerne normalt beregne avgift med 25 %. Ved omsetning av transporttjenester, herunder føring av fisk, skal det også beregnes avgift med 25 %, med mindre føringen skjer etter dirigering av fiskesalgslaget (11,11 %).

Omsetning utenfor merverdiavgiftsområdet  Omsetning som finner sted utenfor merverdiavgiftsområdet reguleres ikke av merverdiavgiftsloven. Norske næringsdrivende som driver omsetning i utlandet kan imidlertid ha registreringsplikt i Norge dersom omsetningen etter sin art er avgiftspliktig, jf. nærmere merverdiavgiftsloven §§ 2-1 og 3-1 og Skattedirektoratets brev av 13. november 2002 til et fylkesskattekontor. Registrering i Merverdiavgiftsregisteret vil gi fradragsrett for inngående avgift pådratt i forbindelse med omsetningen, i den utstrekning vilkårene etter merverdiavgiftsloven kapittel 8 er oppfylt.

Ved omsetning i utlandet som ikke regnes som utførsel, vil de vilkår som stilles for avgiftsfri fakturering etter merverdiavgiftsregelverket ikke komme til anvendelse. Avgiftsmyndighetene må likevel kunne kreve dokumentasjon på at fangsten har skjedd utenfor norsk tollområde og er levert direkte i utlandet, jf. mval. § 15-10 annet ledd og kravene til dokumentasjon i bokføringsforskriften av 1. desember 2005 nr. 1558 kap. 5.

Auksjon av fangst fra tredjelandsfartøy  I Skattedirektoratets brev av 8. mars 2004 til Norges Råfisklag er omhandlet spørsmål vedrørende formidling av fisk fra russiske skip via lagets auksjoner. Omsetning av fangsten kan skje ved kjølauksjon eller lagerauksjon. Ved kjølauksjon selges partiet mens fangsten ennå befinner seg utenfor norsk territorialgrense. Ved lagerauksjon omsettes fisken etter at den er lagt inn på lager, f.eks. tollager.

Ved kjølauksjoner hvor fangsten befinner seg utenfor norsk tollområde, og fangsten kan anses å ha skiftet eier i kjøpsrettslig forstand på auksjonstidspunktet, skal det ikke oppkreves merverdiavgift av salget. Det skal heller ikke oppkreves merverdiavgift ved den senere ilandføring av fisken, jf. merverdiavgiftsloven § 7-5 første ledd bokstav c. Dette gjelder selv om fisken legges inn på tollager av kjøper og senere hentes og fortolles ut av denne. Dersom fiskefangsten først kjøpsrettslig overføres til ny eier etter at fangsten er ilandført, skal avgift beregnes etter de alminnelige regler som gjelder for innenlandsk omsetning.

Utenlandsregistrert fartøy kan ikke innføre vare fra fiske eller fangst uten at avgift skal beregnes, dersom varen er bearbeidet før ankomst til Norge, se FMVA § 7-5-10. Her vil det oppstå avgiftsplikt etter den alminnelige regelen i mval. § 3-29 om beregning av merverdiavgift ved innførsel av varer.

Skattedirektoratet legger til grunn at lagerauksjon av fangst fra tredjelandsfartøy etter at fangsten er ilandført, er avgiftspliktig omsetning. Avgift skal beregnes av auksjonarius når fisken selges på auksjonen. Det er uten betydning for avgiftsplikten og tidspunktet for beregning av avgiften om fisken befinner seg i tollageret eller er tatt ut fra dette på auksjonstidspunktet. Skattedirektoratet forstår den beskrevne fremgangsmåte slik at Norges Råfisklag ikke blir eier av fisken og at råfisklagets rolle vil være å opptre på vegne av den russiske rederen for å ivareta dennes interesser, bl.a. gjennomføre de nødvendige tiltak i henhold til bestemmelsene om veterinær grensekontroll og sikre at fangsten kan bys frem på auksjon. «Importørrollen» som laget påtar seg medfører ikke at fisken anses omsatt av råfisklaget. Eier av fisken ved auksjonen vil ut i fra de gitte opplysninger være de utenlandske rederne, som må registrere seg i Merverdiavgiftsregisteret for denne omsetningen. Dersom disse ikke har forretnings- eller hjemsted i merverdiavgiftsområdet, må de eventuelt la seg registrere ved representant såfremt ikke vilkårene for direkteregistrering etter merverdiavgiftsloven § 2-1 sjette ledd foreligger. Skattedirektoratet legger til grunn at fangsten er omsatt i første hånd selv om de aktuelle fiskepartier blir fortollet ved uttaket fra tollager. Det kan derfor oppkreves avgift med 11,11 % i medhold av særreglene for omsetning av fisk ved slike lagerauksjoner.

Fiske eller utleie av driftsmidler  Ved vurderingen av hvorvidt en fiskefartøyeier driver aktivt i næringsmessig fiske, eller om hans virksomhet bare består i utleie av driftsmidler, må det bl.a. legges vekt på hvem som mottar fiskeoppgjør, fiskeritilskudd osv.