Et forsknings- og utviklingsprosjekt må være godkjent av Norges forskningsråd for at kostnadene kan inngå i grunnlaget for skattefradrag, se sktl. § 16‑40 annet ledd annet punktum. Avslag på godkjenning kan påklages til særskilt klageorgan, se FSFIN § 16‑40‑9 tredje ledd.

Godkjenning fra Norges forskningsråd kan gjelde flere inntektsår, normalt inntil tre år (unntaksvis inntil 4 år). Ved omorganiseringer (fusjoner/fisjoner mv.) hvor virksomheten videreføres i et foretak med et annet organisasjonsnummer enn det godkjenningen er gitt for, må det søkes om ny godkjenning dersom Skattefunn-prosjektet ikke er fullført på fusjonstidspunktet. Dersom prosjektet er fullført på fusjonstidspunktet, overføres ev. rettigheter og plikter knyttet til Skattefunn-prosjektet til det overtakende selskapet uten at det er behov for ytterligere godkjenning fra Forskningsrådet.

I forbindelse med godkjenningsprosessen av prosjektet, skal foretaket avgi egenerklæring om at det ikke var i vanskeligheter på godkjenningstidspunktet, se pkt. 2.2.

Norges forskningsråd kan kreve at bedriften skal rapportere fremdrift og oppnådde resultater i det godkjente prosjektet, jf. FSFIN § 16‑40‑10. Ved manglende rapportering kan godkjenningen trekkes tilbake.

Søkeren har rett til å få realitetsbehandlet sin søknad i søknadsåret, dersom den mottas av Norges forskningsråd før 1. september, se FSFIN § 16‑40‑4 tredje ledd. Søknader som innkommer senere kan også realitetsbehandles i søknadsåret, men uten at søkeren har krav på realitetsbehandling dette året. Tidspunkt for godkjenning har betydning for hvilke års kostnader som kan inngå i grunnlaget for skattefradrag, se pkt. 5.2.

Skattemyndighetene har ikke adgang til å overprøve selve godkjenningen av prosjektet som sådant, men kan be om dokumentasjon på at de kostnader det kreves fradrag for faktisk tilhører prosjektet, se LRD 19. mai 2011 (Gulating) i Utv. 2011/1134.