For å inngå i fradragsgrunnlaget må kostnadene være direkte tilknyttet prosjektet. Dette forstås slik at kostnadene må ha oppstått i forbindelse med prosjektet. Kostnader som knytter seg direkte til identifiserbare FoU-aktiviteter som er beskrevet i foretakets godkjente søknad til Forskningsrådet vil normalt ha tilstrekkelig tilknytning til prosjektet. Kostnader som skattyter ville ha pådratt seg uavhengig av prosjektet, vil ikke inngå i fradragsgrunnlaget, se Ot.prp. nr. 1 (2001–2002) pkt. 5.5.1.2. (Se imidlertid pkt. 6.4 om leie av eget utstyr og pkt. 6.6 om spesielt høye kostnader for bruk av egne anlegg.) Alminnelige driftskostnader inngår dermed ikke i fradragsgrunnlaget, jf. FSFIN § 16‑40‑6 femte ledd. Som alminnelige driftskostnader regnes kostnader til skattyters ordinære virksomhet, herunder andel i felleskostnader utover personalkostnader og indirekte kostnader etter § 16‑40‑6 tredje ledd.

Kostnader pådratt før godkjennelse av prosjektet inngår i grunnlaget for fradrag såfremt de er pådratt i det samme inntektsår godkjennelsen ble gitt, jf. FSFIN § 16‑40‑6 annet ledd tredje punktum. Skattefradrag kan ikke gis på grunnlag av kostnader pådratt i år forut for det året prosjektet ble godkjent. Dette gjelder selv om kostnadene ved skattleggingen tidfestes i godkjenningsåret eller senere. Hvis det særskilte klageorganet godkjenner et prosjekt som ble avslått i første instans et tidligere år, skal prosjektet anses godkjent på tidspunktet for avslaget i første instans.

Kostnader som skattyter har i forbindelse med søknad om godkjenning av prosjektet og revisorbekreftelse i vedlegg til skattemeldingen, kan ikke inngå i fradragsgrunnlaget.

Kostnader til eksperimentell produksjon og utprøving av varer, tjenester og produksjonsprosesser som kan bli brukt eller omformet til å bli brukt i industrielle anvendelser eller kommersielt inngår ikke i fradragsgrunnlaget, jf. FSFIN § 16‑40‑6 femte ledd tredje punktum. Kostnader til innsamling og vurdering av data i forbindelse med prøveproduksjon kan imidlertid tas med, dersom formålet med aktiviteten er å forbedre og teste ut produksjonsprosessen. Materiell- og personalkostnader til selve prøveproduksjonen kan ikke tas med i fradragsgrunnlaget, dersom den har kommersiell verdi.

Det gis ikke fradrag i skatt for kostnader i tilknytning til forskningstjenester som omsettes (oppdragsforskning), jf. FSFIN § 16‑40‑6 sjette ledd. Se eksempel i BFU 6/2017 hvor selskapet ikke ble ansett for å utføre oppdragsforskning. Forskningsrådet har uttalt, i etterkant av BFU-en, at prosjektet som er beskrevet i BFU-en uansett ikke vil bli godkjent av dem fordi prosjektet ikke er «til nytte for bedriften», jf. FSFIN § 16‑40‑2 første ledd. For kjøperen av oppdragsforskning kan imidlertid kostnadene inngå i kostnadsgrunnlaget for Skattefunn dersom forskningen er utført som del av et godkjent Skattefunn-prosjekt på kjøperens hånd.

Se eksempel fra praksis i Skatteklagenemnda (stor avdeling) NS 03/2019.