Kapittel 13 inneholder bestemmelser om klage over enkeltvedtak. Klageretten er en sentral rettssikkerhetsgaranti. I de tilfeller skattemyndighetene har truffet et vedtak, skal en skattepliktig som er uenig ha rett til å få overprøvd vedtaket av noen andre enn den som traff vedtaket, og få en ny realitetsavgjørelse i saken. Retten til klagebehandling forutsetter i utgangspunktet at det er klaget innen fristen, samt at krav til form og innhold er overholdt.

Hovedregelen i skatteforvaltningsloven er at «den vedtaket retter seg mot» kan klage. I tillegg kan den som er «endelig ansvarlig for den skattepliktiges skatt» klage over vedtak om skattefastsetting.

Når et aksjeselskap er slettet foreligger det ikke lenger rettssubjekt som fastsettingen retter seg mot. Tidligere aksjonærer har ikke klagerett i egenskap av å være "den som er endelig ansvarlig for den skattepliktiges skatt". Det formelle skjæringstidspunktet er når selskapet er slettet i Foretaksregisteret, se aksjeloven § 16‑10 og foretaksregisterloven § 4‑1. Klagen faller ikke bort hvor den er sendt før slettingen. Når vedtak påklages av noen uten klagerett, må skattekontoret vurdere endring etter sktfvl. § 12‑1. En forutsetning for å ta opp saken er at skattekravet kan kreves inn. Hvor det gjelder endring i forhold til skattepliktiges oppgaver, vil skattepliktiges forhold tale mot å ta opp saken når selskapet er slettet uten at det selv har sendt endringsmelding eller anmodet om endring. Skattekontorets endringskompetanse skal kun benyttes i saker der det er åpenbart at fastsettingen er feil og det vil fremstå som klart urimelig å unnlate retting.

Klagefristen er som hovedregel seks uker. Bestemmelsene om hvilke krav som stilles til klagen, om saksforberedelse og klageinstansens myndighet mv. er utformet etter mønster av forvaltningsloven §§ 29 flg. og tilsvarende regler i ligningsloven.

Klagen skal etter lovens hovedregel avgjøres av det forvaltningsorganet som er nærmest overordnet det organet som har truffet det påklagede vedtaket. Nemndsordningen på skatteområdet er imidlertid videreført i skatteforvaltningsloven. Fra 1. juli 2016 ble det innført en ny klagenemndsordning på skatteområdet. Det ble opprettet en landsdekkende nemnd for behandling av klager på vedtak om formues- og inntektsskatt mv. og merverdiavgift. Den nye Skatteklagenemnda erstatter de tidligere fem regionale skatteklagenemnder, skatteklagenemndene ved Sentralskattekontoret for storbedrifter og Sentralskattekontoret for utenlandssaker, samt Klagenemnda for merverdiavgift. Riksskattenemnda er avviklet.

Kapittel 13 regulerer hvilke klagesaker Skattedirektoratet, Skatteklagenemnda og de øvrige nemndene skal behandle, og hvilken kompetanse de har i hver enkelt sak. Reglene ble betydelig endret med virkning fra 1. august 2018 da en rekke klagesaker ble overført fra nemndsbehandling til Skattedirektoratet. Se § 13‑3 Klageinstans. Skatteforvaltningsloven har regler om oppnevning av nemndsmedlemmer, utelukkingsgrunner, sammensetning av nemndene, organisering av arbeidet, nemndenes uavhengige stilling og forbud mot samtidige verv, se Kapittel 2 Skattemyndigheter.