Bestemmelsen tilsvarer forvaltningsloven § 33 annet ledd annet punktum og tidligere ligningslov § 9‑8 nr. 1 annet punktum, og fastsetter at underinstansen kan endre vedtaket sitt dersom den finner klagen begrunnet. Vilkåret om at underinstansen må finne klagen «begrunnet», innebærer at endringskompetansen etter denne bestemmelsen er begrenset til tilfeller hvor endringen er til klagerens fordel. Endringen kan medføre at klageren gis helt eller delvis medhold i klagen.

En ren opphevelse av et vedtak kan også være til klagerens fordel. Finner underinstansen klagen helt eller delvis begrunnet skal den omgjøre vedtaket helt eller delvis. Underinstansen skal da et fatte et nytt vedtak. Det nye vedtaket er et enkeltvedtak ettersom det endrer klager sin materielle forpliktelse, og er således bestemmende for hans rettigheter og plikter, jf. § 1‑2 bokstav d,§ 1‑2 første ledd bokstav d.

Dersom underinstansens vedtak gir klageren delvis medhold i klagens påstand, kan vedtaket påklages etter§ 13‑1 Hvilke avgjørelser som kan påklages og hvem som har klagerett. Begrunnelsens omfang og innhold skal oppfylle kravene til begrunnelse i § 5‑8 Melding om enkeltvedtak slik at skattepliktige har tilstrekkelige muligheter for å ivareta sine rettigheter og vurdere og eventuelt utforme klagen.

Er det klaget over flere forhold omgjøres de forholdene som skattekontoret mener skattepliktige skal få medhold i, mens de resterende forholdene sendes til klageinstansen for behandling. Der klagen gjelder ett forhold, for eksempel nedsettelse av skattekontorets vedtak om skjønnsfastsettelse, og skattekontoret finner grunn til å gi den skattepliktige delvis medhold i dette, bør skattekontoret som hovedregel fatte vedtak i samsvar med dette. Det gjelder også når forholdet omfatter flere skattarter. Unntaksvis kan en slik sak oversendes klageinstansen. Dette kan for eksempel være aktuelt hvis skattekontoret ønsker å gi klager medhold i så liten grad at reduksjon av omtvistet beløp blir uvesentlig sett i forhold til det påklagede forholdet, slik at det må påregnes at klager vil klage på et eventuelt omgjøringsvedtak.

Det er lagt til grunn at det at et vedtak om endring av fastsettingen er påklaget, ikke er til hinder for at skattekontoret kan endre fastsettingen på nytt til ugunst for skattepliktige med hjemmel i § 12‑1§ 12‑1 første ledd. Forutsetningen er at det påklagde vedtaket er uriktig og endringsfristen ikke er utløpt. Etter at Skatteklagenemnda har truffet vedtak i klagesaken, er det bare nemnda som kan endre vedtaket etter § 13‑9§ 13‑9 Endring av klagenemndenes avgjørelser.