At skattepliktige har tatt ut søksmål, er ikke til hinder for at det påklagede vedtaket også behandles av klagenemnda. Dette gjelder også etter at det har falt endelig dom i saken.

Annet ledd første punktum fastsetter at klageinstansen ved behandling av klagen kan prøve alle sider av saken og ta hensyn til nye omstendigheter. Klageinstansen er ikke bundet av klagens omfang og kan ta opp sider ved underinstansens vedtak som ikke er påklaget. Dette innebærer for eksempel at klageinstansen kan endre fastsettingen for alle skattleggingsperioder som omfattes av underinstansens vedtak, selv om skattepliktige bare har påklaget enkelte av periodene.

Det ligger en begrensning i at det kun er underinstansens vedtak som utgjør «saken» i lovens forstand. For klager over fastsettingsvedtak betyr dette at det er vedtaket som er til behandling i klageinstansen, ikke hele skattefastsettingen som sådan, med mindre fastsettingen i sin helhet er gjenstand for vedtaket. Dette medfører for eksempel at dersom en skattepliktig for formues- og inntektsskatt har påklaget et vedtak som gjelder formue og inntekt fra en eiendom, kan klageinstansen ikke ta til behandling spørsmål som gjelder den skattepliktiges arbeidsinntekt. Der klageinstansen er nemnd, og den uttaler seg om forhold som ikke gjelder saken, er det som utgangspunkt ikke førende for underinstansens behandling av saken.

Av første punktum fremgår det at klageinstansen kan ta hensyn til «nye omstendigheter». Dette i motsetning til hva domstolens prøvingskompetanse hvor retten må forholde seg til de opplysningene som forelå på vedtakstidspunktet og kan ikke vurdere nye bevis i saken, med unntak av prøving om et vedtak som gjelder tilleggsskatt.

Hva som anses som «nye omstendigheter» vil normalt begrenses til forhold som gjelder den aktuelle skattleggingsperioden. Skattepliktige kan påberope seg nye faktiske forhold eller skatterettslige fortolkninger som ikke har vært fremsatt i skattemeldingen eller under den ordinære skattefastsettingen. Dersom klagen ikke skal avvises, skal slike opplysninger behandles på samme måte som om de hadde vært fremlagt under den ordinære skattefastsettingen. Adgangen til å kreve endret skattemessige disposisjoner er den samme i klageomgangen som under skattefastsettingen.

Dersom nye forhold tas opp kan det hende at klagens ulike deler må behandles av ulike instanser. For eksempel skal klagen behandles av Skatteklagenemnda eller Skattedirektoratet og de nye forholdene av skattekontoret. Dette vil f.eks. være tilfelle når nye forhold tas opp fordi det faktiske grunnlag for et tidligere vedtak er uriktig eller ufullstendig, se§ 12‑1 første ledd. Det samme gjelder hvis skattepliktige har klaget til Skatteklagenemnda eller Skattedirektoratet over skattekontorets avvisningsvedtak. Hvis skattekontoret har avvist saken, og klageinstansen kommer til at saken skal realitetsbehandles, kan klageinstansen realitetsbehandle klagen eller sende saken til skattekontoret for behandling.

Av annet punktum følger det at klageinstansen skal vurdere de synspunktene som klageren kommer med. Klageinstansen er skal altså ta i betraktning alle klagegrunnene som skattepliktige kommer med, men er ikke bundet av dem. Det betyr at klageinstansen kan basere sin avgjørelse på andre grunnlag enn de som klager har fremført.

Skatteklagenemnda kan treffe vedtak som er til gunst eller ugunst for den skattepliktige, i motsetning til hva som gjelder etter tilsvarende bestemmelse i forvaltningsloven § 34 tredje ledd. Dette er begrunnet i hensynet til korrekt skattlegging, som tilsier at klageinstansen bør ha adgang til å treffe et vedtak som er mindre fordelaktig for klageren enn det påklagede vedtaket dersom den mener dette er riktig. Sett fra klagerens ståsted kan det virke urimelig at klagen skal føre til at han eller hun skattlegges på en strengere måte. På den annen side er klageren ved innsending av klagen klar over at skattemyndighetenes behandling av saken ikke er fullført. Spørsmålet om det bør være begrensninger i adgangen til å endre et vedtak til ulempe for klageren, anses derfor å stille seg noe annerledes her enn når det er skattemyndighetene som gjenopptar en sak den skattepliktige kunne ha forventning om at er endelig avsluttet, jf.§ 12‑6 fjerde ledd.

Ut fra bestemmelsens ordlyd er det klart at klageinstansen kan endre til ugunst med grunnlag i forhold som klageren selv ikke har påberopt. Ordlyden fastslår også at klageinstansen kan prøve alle sider av saken. Kriteriet om at et forhold må være en del av saken setter rammen for klageinstansens kompetanse, og vil også være avgjørende for adgangen til endring i klagers disfavør.

Klageinstansen har adgang til å ta i betraktning forhold som underinstansen ikke har berørt, så lenge de kan anses som en del av saken. I § 13‑3 første ledd om klageinstans er det imidlertid forutsatt at saken ved klage skal underlegges behandling i to instanser. Videre gjelder de ulovfestede forvaltningsprinsippene ved skattemyndighetenes behandling av skattesaker. I klagesaker er det sentralt at hensynet til kontradiksjon blir ivaretatt, slik at den skattepliktige får anledning til å uttale seg og ivareta sine interesser. Dersom det kan være tvil om at behandlingen av enkelte forhold tilfredsstiller kravene til to-instansbehandling og kontradiksjon, taler det imot at disse forholdene kan anses som en del av saken i lovens forstand. Dersom klageinstansen er i tvil om et forhold inngår i saken, kan den vurdere å oppheve saken for å sende den til hel eller delvis ny behandling hos skattekontoret, jf.§ 13‑7 tredje ledd.