Dersom domstolen kommer til at det ikke er noen feil i skattefastsettingen, skal staten frifinnes. Hvis domstolen kommer til at fastsettingen er materielt uriktig, skal vedtaket oppheves så langt den materielle feilen rekker. Finner domstolen at saksøker bare skal betale en del av den fastsatte skatten eller bare skal ha tilbake en del av tilbakebetalingskravet, kan domstolen fastsette det riktige beløpet i domsslutningen. Er saksøker uenig i resultatet, er han henvist til å anke dommen. Som oftest har imidlertid ikke domstolen tilstrekkelige opplysninger til å fastsette skatten selv. I så fall skal domstolen angi i domsslutningen hvordan ny fastsettingen skal utføres. Når dommen er rettskraftig, vil skattekontoret foreta ny fastsetting i tråd med domstolens anvisninger. Det nye vedtaket kan da påklages på vanlig måte.

Skattekontoret skal endre skattefastsettingen når dette følger av, eller forutsettes i, utfallet av et søksmål, jf. § 12‑1 tredje ledd bokstav a. Ordlyden omfatter også utenrettslige forlik. Det er ingen frist for å ta opp en slik fastsetting til endring, se § 12‑8 første ledd bokstav a. Endringsadgangen gjelder bare overfor den eller de skattepliktige som var part i rettssaken og som dommen er rettskraftig overfor, se FIN 19. des. 2002 i Utv. 2003/137. For øvrig vises det til saksbehandlingsreglene i Kapittel 5 Alminnelige saksbehandlingsregler.

Rettskraftvirkningene må avgjøres ut ifra en tolkning av domsslutningen. Denne må imidlertid sammenholdes med domsgrunnene og påstandene. Se mer om dette i HRD Rt. 2000/244, hvor Høyesterett vurderte rettskraftsvirkningene av en domsslutning som uttrykte at ligningen for de aktuelle år skulle oppheves. I denne konkrete saken la Høyesterett til grunn at det bare var det spørsmål som var sakens tvistegjenstand som var rettskraftig avgjort og at ligningen som helhet ikke var opphevet.

Når dommen bare har tatt stilling til om et fradrag kan nektes, er ikke dommens rettskraftsvirkning til hinder for at skattemyndigheten ved fastsetting i etterkant av dommen tar stilling til og eventuelt endrer fradragets størrelse, se HRD Rt. 2012/1648 (Statoil Captive).

Skattemyndighetene har rett – og plikt – til å ta opp andre inntektsår til endring for forhold som er direkte avgjort i dommen, se HRD av 10. mai 2016 (HR-2016-00988-A, ConocoPhillips). I saken ble det vist til at behovet for endringer etter ligningsloven § 9‑5 nr. 2 bokstav a rekker ut over grensene for den materielle rettskraft, jf. ligningsloven § 9‑6 nr. 5 bokstav e, og uttalt at hvis ligningsmyndighetene har løst et klassifikasjons- eller tilordningsspørsmål for en transaksjon på samme måte for flere inntektsår, og det foreligger rettskraftig dom for ett av årene, gir bestemmelsen ligningsmyndighetene rett, og plikt, til å ta opp ligningen også for de øvrige årene. I den konkrete saken fulgte endringen for 2002 av Høyesteretts dom for de to foregående inntektsårene, og ligningsmyndighetene hadde da hjemmel til å ta opp ligningen for dette året.

Det er ikke grunnlag for en utvidende anvendelse av prinsippene om endringsadgang etter en domstolsavgjørelse til også å gjelde administrative avgjørelser, for eksempel etter avgjørelse i Skatteklagenemnda. Se Agder lagmannsretts dom av 28. november 2016 (LA-2016-78691, Spillerinvest AS).