Etter denne bestemmelsen kan Finansdepartementet i forskrift legge myndighet til andre organer som ikke er skattemyndigheter etter kapittel 2. Bakgrunnen for denne forskriftshjemmelen, er at det for visse sakstyper er mer praktisk at utøvelsen av offentlig myndighet gjøres av andre forvaltningsorgan enn skattemyndighetene. Departementet kan også gi forskrift om hvilke saksbehandlingsregler som skal gjelde for myndighetsutøvelsen, herunder regler om at skatteforvaltningsloven ikke skal gjelde.

Fylkesmannen, Arbeids- og velferdsetaten, Garantikassen for fiskere, Statens vegvesen og Tollmyndigheten er på avgrensede sakstyper gitt myndighet etter skatteforvaltningsforskriften § 2‑13.

Statsforvalteren har myndighet til å vurdere visse spørsmål i sak om særfradrag etter skatteloven §§ 6‑82 og 6-83 ved behandling mv. utenfor offentlig norsk helse- og sosialvesen. Dette gjelder spørsmål om behandlingen er foretatt innenfor eller utenfor det offentlige helsevesen, om det offentlige har tilsvarende tilbud som det oppsøkte og om behandlingen kan anses faglig forsvarlig. Det er Helsedirektoratet som er klageinstans for vedtak som er behandlet av Fylkesmannen.

Trygdeavgift skal myndighetsfastsettes etter§ 9‑3 tredje ledd. Arbeids- og velferdsetaten (NAV) har myndighet til å fastsette trygdeavgift for visse grupper av skattepliktige. For disse sakene behandles en eventuell klage etter reglene i folketrygdlovens § 12‑21.

Garantikassen for fiskere har myndighet til å behandle søknader om refusjon av særavgifter (CO2-avgift på naturgass og LPG og grunnavgift på mineralolje). Skattedirektoratet er klageinstans, jf.§ 13‑3 første ledd.

Statens vegvesen har myndighet til å fatte vedtak om avgiftsklassifisering av motorkjøretøy og innvilge fritak fra omregistreringsavgiften. Skattedirektoratet er klageinstans for vedtak om avgiftsklassifisering.

Merverdiavgiftspliktige som ikke er registrert i Merverdiavgiftsregisteret skal beregne og betale innførselsmerverdiavgift til tollmyndighetene i forbindelse med grensepassering. Det samme gjelder ved innførsel av særavgiftspliktige varer. Avgiftene skal fastsettes ved levering av tolldeklarasjon som skattemelding, og tollmyndighetene har myndighet til å kontrollere om skattemeldingen er riktig og eventuelt endre fastsettingen. Tollmyndighetene har også myndighet til å fastsette avgiften der hvor det ikke foreligger ordinær fastsetting.

Skattedirektoratet er klageinstans i saker om særavgifter, mens det er Skatteklagenemnda eller Skattedirektoratet som er klageinstans for saker om merverdiavgift, jf. § 13‑3 første leddog§ 13‑3 annet ledd.