Annet ledd slår fast at verken departementet, Skattedirektoratet, skattekontoret eller Oljeskattekontoret kan endre vedtak fra nemndene på skatteområdet. Annet ledd annet punktum oppstiller et unntak fra forbudet mot å endre et nemndsvedtak i saker der skattemyndighetene har plikt til å gjennomføre endringssak etterSpesielt for merverdiavgift. Dette gjelder saker der endringen følger av eller forutsettes i utfallet av et søksmål, eller endringen følger av en avtale som nevnt i dobbeltbeskatningsavtaleloven. Det er ikke tilstrekkelig at det faktiske grunnlaget for nemndsvedtaket var uriktig eller ufullstendig. I disse tilfellene må nemnda selv omgjøre sitt vedtak.