Et forsknings- og utviklingsprosjekt må være godkjent av Norges forskningsråd for at kostnadene kan inngå i grunnlaget for skattefradrag, se sktl. § 16‑40 annet ledd annet punktum. Avslag på godkjenning kan påklages til særskilt klageorgan, se FSFIN § 16‑40‑9 tredje ledd.

For at statsstøtte skal anses å være lovlig etter statsstøtteregelverket må støtten som utgangspunkt ha insentiveffekt, dvs. at støtten må ha vært utløsende for den aktuelle aktivitet hos foretaket, jf. gruppeunntaksforordningen art 6.

Etter art. 6 (4) gjelder det imidlertid et unntak for enkelte ordninger, som gir foretaket rett til støtte dersom det oppfyller objektive kriterier. For Skattefunn-ordningen gjelder slike objektive kriterier og foretaket kan dermed søke om Skattefunn-støtte selv om forskningsprosjektet er påbegynt.

Godkjenning fra Norges forskningsråd kan gjelde flere inntektsår, normalt inntil tre år (unntaksvis inntil 4 år). Ved omorganiseringer (fusjoner/fisjoner mv.) hvor virksomheten videreføres i et foretak med et annet organisasjonsnummer enn det godkjenningen er gitt for, må det søkes om ny godkjenning dersom Skattefunn-prosjektet ikke er fullført på fusjonstidspunktet. Dersom prosjektet er fullført på fusjonstidspunktet, overføres ev. rettigheter og plikter knyttet til Skattefunn-prosjektet til det overtakende selskapet uten at det er behov for ytterligere godkjenning fra Forskningsrådet.

I forbindelse med godkjenningsprosessen av prosjektet, skal foretaket avgi egenerklæring om at det bl.a. ikke var i vanskeligheter på godkjenningstidspunktet, se pkt. F-29-2.2. Det skal også avgis egenerklæring om at foretaket har etterkommet ev. krav om tilbakebetaling av støtte, se pkt. F-29-2.3 og at foretaket er kjent med at maksimal støtteintensitet skal beregnes med grunnlag i netto støtteberettigede kostnader, se pkt. F-29-11.

Norges forskningsråd kan kreve at bedriften skal rapportere fremdrift og oppnådde resultater i det godkjente prosjektet, jf. FSFIN § 16‑40‑10. Ved manglende rapportering kan godkjenningen trekkes tilbake.

Søkeren har rett til å få realitetsbehandlet sin søknad i søknadsåret, dersom den mottas av Norges forskningsråd før 1. september, se FSFIN § 16‑40‑4 tredje ledd. Søknader som innkommer senere kan også realitetsbehandles i søknadsåret, men uten at søkeren har krav på realitetsbehandling dette året. Tidspunkt for godkjenning har betydning for hvilke års kostnader som kan inngå i grunnlaget for skattefradrag, se pkt. F-29-5.2.

Skattemyndighetene har ikke adgang til å overprøve selve godkjenningen av prosjektet som sådant, men kan be om dokumentasjon på at de kostnader det kreves fradrag for faktisk tilhører prosjektet, se LRD 19. mai 2011 (Gulating) i Utv. 2011/1134.