Fra 1. januar 2007 er omsetning av retten til å disponere kommunal havn mot havneavgift blitt avgiftspliktig, jf merverdiavgiftsloven § 5a annet ledd nr 10. Se om dette i Ot. prp nr 1 (2006-2007) side 176. Endringen vil gjelde kommunale havner omfattet av lov 8. juni 1984 nr 51 (havneloven) på virksomhetsområder hvor det oppkreves havneavgifter eller vederlag i samsvar med denne lovens kapittel VI. Kapittel VI omfatter havneavgift som ”Kommunen kan fastsette og skal sørge for at det foretas oppkreving…” 

Det presiseres at det ikke betyr at havnen dermed har rett på å bli registrert som eget subjekt. Rett til å være eget subjekt følger i utgangspunktet av subjektinndelingen i Enhetsregisteret, se enhetsregisterloven § 1. I lovens havneloven § 23 står det at der det er et eget havnestyre, skal dette uttale seg om forvaltningen av havneavgiften. Videre at denne skal holdes adskilt i egen havnekasse. Men for at havnene skal behandles som et eget subjekt, må det være gjennomført organisatoriske endringer i den aktuelle kommune.

Kommunale foretak (KF) er i følge kommuneloven § 61 en del av kommunen, og ikke et eget rettsubjekt. Det betyr blant annet at når havnene er organisert som KF, er det i utgangspunktet fortsatt kommunene som er avgiftssubjekt og skal stå registrert. Men det er adgang til å søke særskilt registrering av KF-et etter mval § 12 andre ledd (knytningen OPMV).

En del havner er organisert som interkommunale samarbeid etter kommuneloven § 27, jf også formuleringen i havneloven § 23. Disse ”enhetene” er i utgangspunktet veldig diffuse, og bygger utelukkende på samarbeidsavtaler mellom kommunene. Disse er ofte ikke gitt subjektstatus i Enhetsregisteret. Det er blitt stilt spørsmål om hvordan disse skal registreres.

For det første må det skilles mot interkommunale selskaper (IKS), jf lov nr 6/1999. Havner drevet i fellesskap som er organisert som IKS, registreres selvsagt som det.

Med tanke på at IKS formen er opprettet nettopp for å regulere ansvarlige selskapskonstruksjoner mellom flere kommuner, kan det reises spørsmål om også de andre  interkommunale sammenslutningene etter kommuneloven § 27 som driver havnevirksomhet bør omregistreres til IKS.

I gruppen interkommunale sammenslutninger som er organisert etter kommuneloven § 27 vil en finne både sammenslutninger som er selvstendige rettssubjekt og sammenslutninger som ikke er selvstendige rettsubjekt. De selvstendige rettssubjektene fikk ved innføringen av IKS-loven omdanningsplikt, jf IKS-loven § 40 annet ledd. Denne omdanningsplikten ble senere opphevet ved at § 40 annet ledd ble opphevet. Begrunnelsen er å finne i Ot.prp. nr. 115 (2002-2003). Dette innebærer at det i dag finnes interkommunale sammenslutninger etter kommuneloven § 27 som har registreringsadgang i Enhetsregisteret (fordi de er selvstendige rettssubjekt) og interkommunale sammenslutninger som ikke er selvstendige rettssubjekt og følgelig ikke kan registreres i Enhetsregisteret.
Resultatet er at vi kan måtte forholde oss til både interkommunale sammenslutninger som er egne subjekter, og sammenslutninger som ikke er egne subjekter. Enhetsregisteret avgjør om et interkommunalt samarbeid er egne subjekter og dermed kan registreres selvstendig. Interkommunalt sammarbeid etter kommuneloven § 27 som ikke har registrert seg som IKS, og som fyller Enhetsregisterets vilkår til å være et selvstendig subjekt blir registeret med organisasjonsformen ”Forening, lag, innretning” (FLI). Det presiseres at dette bare gjøre unntaksvis, og ved usikkerhet knytet til en slik registrering bør fylkesskattekontorene ta kontakt med Enhetsregisteret.

Havner som drives som interkommunalt samarbeid uten egen subjektstatus i Enhetsregisteret skal behandles som en del av kommunen. Det betyr at merverdiavgiften oppkreves av den kommunen som blir valg som ansvarlig. Eventuelt kan det etter søknad til fylkesskattekontoret registreres en særskilt enhet etter mval § 12 andre ledd (OPMV) på denne kommunen.