Bokføringstidspunktet  I brev av 31. august 2010 vurderte Skattedirektoratet spørsmålet om hvor sent en kommunes utgifter kunne periodiseres etter § 6 fjerde ledd (nå annet ledd), hvilket har avgjørende betydning for foreldelse etter § 10 tredje ledd. Krav om kompensasjon for merverdiavgift basert på to fakturaer datert i april 2009, ble fremmet på kompensasjonsoppgaven (nå kompensasjonsmelding) for fjerde periode 2009. Skattekontoret avviste kravet med den begrunnelse at foreldelse etter kompensasjonsloven § 10 tredje ledd, jf. § 6 fjerde ledd (nå annet ledd), begynner å løpe fra fakturadato, som er den datoen bokføringsloven angir som datoen for bokføring. Kommunen på sin side mente at det følger av det såkalte anordningsprinsippet i kommuneloven § 48 nr. 2, at kontroll av inngående fakturaer kan medføre regnskapsføring på et vesentlig senere tidspunkt enn fakturadato. I kommuneloven § 48 nr. 2 heter det at alle kjente utgifter og inntekter i året skal tas med i årsregnskapet for vedkommende år, enten de er betalt eller ikke når årsregnskapet avsluttes. Det ble vist til at kommuneloven stiller strenge krav til fakturakontroll før en utgift kan godkjennes til utbetaling og derav regnskapsføring. Kommunen mente at så lenge en faktura ikke anvises til utbetaling av kommunen, legger man til grunn at varen eller tjenesten iht. mottatt faktura ikke er overlevert til kommunen, betalingsforpliktelsen er ikke påløpt og utgiften derav ikke pådratt. Skattedirektoratet la derimot til grunn at det ikke følger av anordningsprinsippet at det er adgang til å regnskapsføre en anskaffelse først i den periode fakturaen er kontrollert av kommunen, slik at det også her vil måtte bokføres etter fakturadatoen med virkning for foreldelsesspørsmålet. Dersom en kommune er usikker på om en faktura er riktig i forhold til avtalt ytelse og pris, og betaling holdes tilbake, vil ikke det styre den underliggende regnskapsmessige behandling av tilfellet. Hvis fakturaen er riktig, tilsier anordningsprinsippet at varen eller tjenesten skal regnskapsføres ved levering (dvs. fakturatidspunktet). Inneholder fakturaen feil i forhold til avtalt ytelse eller pris, vil fakturaen måtte korrigeres med en kreditnota og utstedelse av ny faktura. I SKD 15/11 omtales hva som skjer i slike tilfeller. Tilbakebetaling av kompensert merverdiavgift skjer på hovedmelding for den terminen selger krediterer kommunen. Tilbakebetaling skal m.a.o. ikke skje ved at det sendes inn en korreksjonsmelding. Det innebærer at det ikke blir rentebelastning for perioden mellom opprinnelig fremsettelse av kompensasjonskrav og senere kreditering fra selger. I  SKD 15/11 vises det imidlertid også til at det følger av det grunnleggende bokføringsprinsippet om realitet, se forskrift om årsregnskap og årsberetning (for kommuner og fylkeskommuner) § 2, jf. bokføringsloven § 4 nr. 3, at bokførte opplysninger skal være resultat av faktisk inntrufne hendelser eller regnskapsmessige vurderinger og skal gjelde den bokføringspliktige virksomheten. Det vil derfor stride mot dette prinsippet å bokføre beløp som åpenbart er feil eller uriktig mht. vederlag og merverdiavgift. I slike tilfeller skal tilbakebetaling skje gjennom korreksjonsmelding.

Fra 1. januar 2023 er det gitt en særregel i kompensasjonsforskriften § 5 når det gjelder omtvistede krav i tilvirkningskontrakter. Ved utsatt tidfesting av merverdiavgift av omtvistede krav, jf. merverdiavgiftsforskriften § 15-9-3, skal kompensasjon for merverdiavgift tas med i skattemeldingen for den perioden kravet er avklart eller betalt. Bestemmelsen innebærer at den kompensasjonsberettigede fakturamottaker ikke skal ta med omtvistet beløp i kompensasjonsmeldingen for den aktuelle perioden, selv om fakturadato er innenfor perioden.

I forlengelsen av dette oppstår det et spørsmål om hva som er utgangspunktet for foreldelsesfristen etter kompensasjonsloven §§ 10 tredje ledd, jf. 6 andre ledd for tilfeller med forsinket fakturering (med avgift) eller uriktig fakturering uten avgift fra selger. I F 15. oktober 2015 har Skattedirektoratet konkludert med at foreldelsesfristen beregnes med utgangspunkt i når selger rent faktisk har utstedt faktura med avgift. Begrunnelsen er at det er først på dette tidspunkt kompensasjonsbeløpet skulle ha vært registrert hos kjøper. Videre vil utgangspunktet for foreldelsesfristen for omtvistede beløp etter kompensasjonsforskriften § 5 ikke være den skattemeldingsperioden kravet er fakturert, men den senere perioden kravet er avklart eller betalt.