Blir det ikke truffet vedtak om avvisning eller endring, skal sakens dokumenter sendes klageinstansen så snart saken er tilrettelagt. Ifølge lovteksten kan underinstansen avgi uttalelse i saken. Praksis er likevel at skattekontoret alltid skal skrive en redegjørelse med en begrunnelse for sitt syn før saken oversendes til klageinstansen. Det forutsettes imidlertid at underinstansen holder seg innenfor de samme rammene som gjelder for klageinstansens kompetanse, se § 13-7 annet ledd.

Dersom klagen skal behandles av Skatteklagenemnda, skal skattekontorets redegjørelse sendes sekretariatet som saksforberedende organ. Sekretariatet legger saken fram for nemnda, jf. § 13-3 annet ledd til § 13-3 fjerde ledd. Dette innebærer at sekretariatet utarbeider innstilling til vedtak i saken, som oversendes nemnda sammen med sakens øvrige dokumenter.

Etter at skattekontoret har sendt redegjørelsen til sekretariatet for Skatteklagenemnda, vil det kunne variere om og i hvilken grad skattekontoret skal være involvert i den videre saksforberedelsen, for eksempel ved at sekretariatet ber om tilleggsopplysninger fra skattekontoret. Det er imidlertid en forutsetning at sekretariatet skal ta selvstendig stilling til saken, slik at det er sekretariatets syn på saken som kommer til uttrykk i innstillingen til vedtak. Sekretariatet for Skatteklagenemnda kan verken instruere skattekontoret om å omgjøre enkeltsaker eller selv treffe vedtak om omgjøring.