Håndboken er ordnet etter paragrafene i skatteforvaltningsloven. Det er likevel ikke en kommentarutgave i tradisjonell forstand. Tema som ikke direkte kan tilordnes en bestemmelse er tatt med under egne overskrifter. Formålet med boken er blant annet å gi en oversikt over gjeldende rett. Siden skatteforvaltningsloven var ny i 2017, er det i noen grad også vist til rettskilder knyttet til eldre lovgivning, som fortsatt har relevans. Dette kan være Finansdepartementets og Skattedirektoratets uttalelser, avgjørelser og retningslinjer, klagenemndsavgjørelser og rettspraksis. På sikt er det en målsetting at innholdet i de fleste SKD-meldinger og ulike retningslinjer skal bli innarbeidet i boken. Innholdet bygger hovedsakelig på Prop. 38 L (2015–2016) Lov om skatteforvaltning.

Hver bestemmelse har en rettskildeboks hvor de viktigste forarbeidene, forskriftene og andre rettskilder som omtales under bestemmelsen er samlet. En del av innholdet er lagt under klikkbare lenker for å øke brukervennligheten. Innholdet i boken gir uttrykk for Skattedirektoratets fortolkning av de foreliggende rettskildene og har normalt samme vekt som Skattedirektoratets meldinger og enkeltstående uttalelser. Skattedirektoratet forutsetter at Skatteetaten følger de anvisninger som boken gir.

Fra og med 2021-utgavene, er det lagt inn en ny søkefunksjon i Håndboken (PDF-versjonen), slik at leseren raskt kan søke seg frem til endringer fra forrige utgave dersom disse er markert som endring (strek i margen). For å søke etter alle endringene må man benytte såkalt "vertical bar" i søkefeltet. Vertical bar er en loddrett strek som man vanligvis finner på tasten til venstre for 1-tallet på tastaturet.