Forvaltningsloven gjelder ikke med mindre annet er bestemt. Skatteforvaltningsloven er uttømmende for sitt område, men den må i enkelte tilfeller suppleres med alminnelige forvaltningsrettslige prinsipper. Det fremgår for eksempel direkte av § 12‑11 fjerde ledd at en endringsadgang kan følge av alminnelige forvaltningsrettslige prinsipper. Prinsippene ligger også til grunn for lovens bestemmelser, og de gjennomgås kort i dette kapitlet.

Selv om forvaltningsloven ikke gjelder, er det gjort et unntak for forvaltningslovens regler om elektronisk kommunikasjon og kapittelet om forskrifter. Disse gjelder direkte. Videre fremgår det av forarbeidene at skatteforvaltningslovens enkeltvedtaksbegrep i tvilstilfeller skal forstås på samme måten som begrepet enkeltvedtak i forvaltningsloven. Det er forøvrig et formål at reglene på skatteforvaltningsområdet i størst mulig grad skal være lik de som gjelder etter forvaltningsloven.

Reglene om elektronisk kommunikasjon som er gitt i og i medhold av forvaltningsloven skal gjelde for behandlingen av saker etter skatteforvaltningsloven. Det er ikke gitt egen forskrift med hjemmel i skatteforvaltningsloven § 1‑3 første ledd bokstav a.

I forvaltningsloven er elektronisk kommunikasjon mellom forvaltningen og borgerne regulert i § 15 a og forskrifter gitt i medhold av bestemmelsen. Forvaltningen har som hovedregel adgang til å kommunisere elektronisk med borgerne. Det åpnes imidlertid for at privatpersoner kan reservere seg mot elektronisk kommunikasjon og i stedet motta tradisjonell post fra forvaltningen. I tillegg fastslår forvaltningsloven § 15 a annet ledd at alle som henvender seg til et forvaltningsorgan kan benytte elektronisk kommunikasjon dersom forvaltningsorganet har lagt til rette for dette og det skjer på den anviste måten, om ikke annet følger av lov eller forskrift. Bestemmelser som pålegger virksomheter eller personer å sende informasjon elektronisk til et forvaltningsorgan, reguleres i særlovgivningen. På skatteområdet er det fastsatt slike forskrifter med hjemmel i § 7‑13 Forskrifter mv. og § 8‑15 Forskrifter mv.

Skatteforvaltningsloven § 1‑3 bokstav a med henvisning til forvaltningsloven § 15 a gir tilstrekkelig behandlingsgrunnlag for skattemyndighetenes elektroniske kommunikasjon. Nærmere regler om elektronisk kommunikasjon er gitt i forskrift 25. juni 2004 nr. 988 om elektronisk kommunikasjon med og i forvaltningen (eForvaltningsforskriften).

Etter ligningsloven § 1‑2 skulle forvaltningsloven kapittel VII om forskrifter gjelde for behandlingen av saker etter loven, selv om forvaltningsloven for øvrig ikke kom til anvendelse. Bestemmelsen er derfor en videreføring av tidligere rett når det gjelder skatt på inntekt og formue. Dette på lik linje med de øvrige skatteområdene, som tidligere fulgte forvaltningsloven.