Bestemmelsene i § 13‑6 om saksforberedelse i klagesak er gitt etter mønster av forvaltningsloven § 33. Noen av forvaltningslovens bestemmelser er imidlertid ikke inntatt som følge av særlige forhold som gjør seg gjeldende på skatteområdet.

Reglene i Kapittel 5 Alminnelige saksbehandlingsregler skal gjelde tilsvarende for behandling av klagesaker, med mindre noe annet følger av § 13‑6 Saksforberedelse i klagesak selv. Det skal som hovedregel være ny saksbehandler på ethvert trinn i saksbehandlingen. Saker som behandles av Skatteklagenemnda forberedes av sekretariatet. I forbindelse med innføring av gjeldende klagenemndsordning, uttalte departementet at det ikke lenger er hensiktsmessig at klagen skal behandles av ny saksbehandler på skattekontoret. Behovet for at klagesakene gjennomgås av ny saksbehandler blir ivaretatt ved behandlingen i sekretariatet.

Forvaltningsloven § 33 annet ledd første punktum har en regel om at underinstansen skal foreta de undersøkelser klagen gir grunnlag for. En slik bestemmelse om undersøkelsesplikt er ikke inntatt i skatteforvaltningsloven. Begrunnelsen for dette er at skattemyndighetene ikke har noen omfattende undersøkelsesplikt. Et grunnleggende trekk ved skatteforvaltningsregelverket er at den skattepliktige selv har hovedansvaret for å skaffe til veie det faktiske grunnlaget for fastsettingen, og at skattemyndighetene kun i begrenset grad har plikt til å foreta selvstendige undersøkelser for å bidra til sakens opplysning. Ut fra dette er det ikke naturlig med en bestemmelse om undersøkelsesplikt for skattemyndighetene under den forberedende klagesaksbehandlingen. Ulovfestede regler om krav til forsvarlig saksbehandling vil imidlertid etter omstendighetene kunne pålegge skattemyndighetene å foreta egne undersøkelser i sakens anledning.

Klagen skal i utgangspunktet behandles på vanlig måte selv om det skjer endringer på skattepliktiges side etter at klagen er sendt inn. Dette gjelder f.eks. hvor en personlig skattepliktig dør eller et selskap oppløses, skattepliktige opphører å være skattepliktig til Norge eller skattepliktige går konkurs mv. Se imidlertid over Hvem som har klagerett, hvor det fremgår at i praksis tar skattekontoret kontakt med bostyrer i konkursbo for å avklare om klagen opprettholdes.