Kapittel 13 inneholder bestemmelser om klage over enkeltvedtak. Klageretten er en sentral rettssikkerhetsgaranti for skattepliktige. I de tilfeller skattekontoret har truffet et vedtak i første instans, har den skattepliktige som er uenig rett til å få overprøvd vedtaket av en annen instans, og få en ny realitetsavgjørelse i saken. Retten til å få klagen behandlet forutsetter i utgangspunktet at det er klaget innen fristen, samt at kravene til klagens form og innhold er oppfylt.

Hovedregelen i skatteforvaltningsloven er at «den vedtaket retter seg mot» kan klage. I tillegg kan den som er «endelig ansvarlig for den skattepliktiges skatt» klage over vedtak om skattefastsetting.

Når et aksjeselskap er slettet foreligger det ikke lenger rettssubjekt som fastsettingen retter seg mot. Tidligere aksjonærer har ikke klagerett i egenskap av å være «den som er endelig ansvarlig for den skattepliktiges skatt». Det formelle skjæringstidspunktet er når selskapet er slettet i Foretaksregisteret, se aksjeloven § 16‑10 og foretaksregisterloven § 4‑1. Det betyr at klageretten består så lenge klagen er sendt før selskapet ble slettet i Foretaksregisteret. Når vedtak påklages av noen som ikke har klagerett, må skattekontoret vurdere endring etter § 12‑1. En forutsetning for å ta opp saken er at skattekravet kan kreves inn. Hvor det gjelder endring i forhold til skattepliktiges egenfastsettelser, vil momentet skattepliktiges forhold tale mot å ta opp saken når selskapet er slettet uten at det selv har sendt endringsmelding eller anmodet om endring. Skattekontorets endringskompetanse skal kun benyttes i saker der det er åpenbart at fastsettingen er feil og det vil fremstå som klart urimelig å unnlate retting.

Klagefristen er som hovedregel seks uker. Bestemmelsene om hvilke krav som stilles til klagen, om saksforberedelse og klageinstansens myndighet mv. er utformet etter mønster av forvaltningsloven §§ 29 flg. og tilsvarende regler i tidligere ligningslov.

Klagen skal etter lovens hovedregel avgjøres av det forvaltningsorganet som er nærmest overordnet det organet som har truffet det påklagede vedtaket. Klage på fastsetting av skatt og avgift skal likevel behandles av klagenemnder. I noen tilfeller er også Skattedirektoratet klageinstans i slike saker. Kapittel 13 regulerer blant annet hvilke klagesaker Skattedirektoratet, Skatteklagenemnda og de øvrige nemndene skal behandle, og hvilken kompetanse de har i hver enkelt sak. Reglene ble betydelig endret med virkning fra 1. august 2018 da en rekke klagesaker ble overført fra nemndsbehandling til Skattedirektoratet. Se§ 13‑3 Klageinstans. Loven har regler om oppnevning av nemndsmedlemmer, utelukkingsgrunner, sammensetning av nemndene, organisering av arbeidet, nemndenes uavhengige stilling og forbud mot samtidige verv, seKapittel 2 Skattemyndigheter.