I annet ledd er det gitt en særlig regel for visse kravstyper, nemlig formues- og inntektsskatt og trygdeavgift. Dette er krav som hører under den såkalte fellesinnkrevingen. Selv om skattekontoret er innkrevingsmyndighet for arbeidsgiveravgiften, er det ikke anledning til å innfortolke den i bestemmelsen. Etter første punktum, som vil gjelde utenfor konkurs, kan slike krav motregnes i andre krav enn skatte- og avgiftskrav som skyldneren har på staten, fylkeskommunen og kommunen. I og med at krav som hører under fellesinnkrevingen er et felleskrav mellom skattekreditorene, innebærer bestemmelsen delvis unntak fra gjensidighetsvilkåret som gjelder ved motregning etter ulovfestede regler. Et eksempel hvor regelen kommer til anvendelse er ved motregning av krav under fellesinnkrevingen i direkte tilskudd (produksjonstilskudd i jordbruket og regionalt miljøprogram (RMP)), utbetalt av Landbruksdirektoratet.

Dersom det foreligger en kommunal utbetaling fra kommune A er det kun kommune A som kan bruke den utvidede motregningsretten i skattebetalingsloven § 13-1 annet ledd. Dette følger av en tolkning av bestemmelsen. Ordlyden i bestemmelsen viser bare til "kommunen", og ikke "kommunene" i flertall. Denne tolkningen støttes også av uttalelser i forarbeidene til bestemmelsen. Kommune B kan derfor ikke motregne i den kommunale utbetalingen fra kommune A på grunn av manglende gjensidighet.

I annet punktum er det presisert at i konkurs kan motregning etter annet ledd første punktum kun skje for den andel som etter fordelingsreglene i kap. 8 faller på den av skattekreditorene som konkursboets krav er rettet mot. Sammenlignet med første punktum skjerpes dermed kravet til gjensidighet for kravene under fellesinnkrevingen i konkurs. Eksempelvis vil det bare kunne motregnes med et krav tilsvarende kommunens andel av restskatten, dersom hovedkravet er en ren kommunal utbetaling. Videre vil skattekontoret bare kunne motregne for den statlige delen av restskatten, dersom hovedkravet er landbrukstilskudd.