Et selskap som oppfyller vilkårene i rederiskatteordningen kan velge å tre inn i ordningen ved innlevering av skattemeldingen. Dette valget er bindende for selskapet det aktuelle inntektsåret. Den ordinære adgangen til å endre egenfastsettingen i tre år gjelder ikke valget om å tre inn i rederiskatteordningen, jf. sktfvl. § 9-4 første ledd, femte punktum.

Selskapet må oppfylle vilkårene i rederiskatteordningen for hele inntredelsesåret, se sktl. § 8-14 første ledd. Selskaper som er stiftet i løpet av året kan tre inn i ordningen fra stiftelsestidspunktet, jf. Ot.prp. nr. 11 (1996-97) pkt. 7 s. 64. Selskaper som ikke har hatt noen aktivitet fra det ble stiftet, kan tre inn i ordningen når det anskaffer en kvalifiserende eiendel. Se eksempler i Utv. 1999/388 (SFS - forhåndsuttalelse) og Utv. 2003/595 (SFS - forhåndsuttalelse).

Et selskap som skal tre inn i ordningen etter en fisjon med skattemessig kontinuitet, kan ikke tre inn i rederiskatteordningen før 1. januar i året etter fisjonsåret, se sktl. § 8-14, annet ledd. Hvis det fisjonerende selskapet før fisjonen skattlegges etter rederiskatteordningen, kan det utfisjonerte selskapet kreve skattlegging etter rederiskatteordningen også i fisjonsåret.