Merverdiavgift til gode som er utbetalt i henhold til en melding etter merverdiavgiftsloven § 11‑5, kan ved senere undersøkelser hos den avgiftspliktige vise seg å gi uttrykk for at tilgodekravet var for høyt. Årsaken kan enten være at utgående avgift er oppgitt for lavt, eller at inngående avgift er oppgitt for høyt. Når det treffes et endringsvedtak som medfører krav om tilbakebetaling fra den avgiftspliktige av deler av det tidligere utbetalte beløpet, skal det beregnes renter etter § 11‑2 på økningen av merverdiavgiftskravet. Renter beregnes fra utbetalingstidspunktet og fram til tidspunktet for økningsvedtaket. Dersom økningen i merverdiavgift beror på en egenretting fra den avgiftspliktige, som godkjennes av avgiftsmyndighetene, løper rentene etter § 11‑2 fra beløpet ble utbetalt og fram til melding om egenretting av tidligere levert melding kom fram til skatte- eller avgiftsmyndighetene.

Eksempel: Eksempel på anvendelse av særregelen i § 11‑2 femte ledd: Skattekontoret utbetaler merverdiavgift til gode med kr 30 000 til den avgiftspliktige i henhold til rettidig innlevert mva-melding for 1. termin 2018 som viser merverdiavgift til gode med kr 30 000. To måneder etter utbetalingen treffer skattekontoret et endringsvedtak som medfører en økning av avgiften med kr 10 000. I henhold til dette vedtaket skulle det bare vært utbetalt kr 20 000 til den avgiftspliktige for 1. termin 2018, og økningen i avgift på kr 10 000 skal renteberegnes etter § 11‑2. Økningen på kr 10 000 som er blitt utbetalt vil i tillegg bli krevd tilbakebetalt fra den avgiftspliktige.

Merverdiavgiftsloven § 10‑1 har regler om refusjon av merverdiavgift for utenlandske næringsdrivende som ikke er registrert i Norge. Tilbakesøking av for mye utbetalt refusjon reguleres av skattebetalingsloven § 1‑3. I § 11‑2 femte ledd presiseres det at regelen for renteberegning av for mye utbetalt merverdiavgift etter merverdiavgiftsloven § 11‑5, gjelder tilsvarende når tidligere utbetalt refusjon av merverdiavgift etter merverdiavgiftsloven § 10‑1 kreves tilbake. Dette innebærer at rente skal beregnes fra refusjonsbeløpet som kreves tilbake ble utbetalt til den avgiftspliktige. Denne presiseringen av § 11‑2 femte ledd er beskrevet i Ot.prp. nr. 1 (2007–2008) på s. 208.