Annet ledd bestemmer at plikten til å betale naturressursskatt som ikke er medregnet ved fastsetting av den skatt som blir betalt, gjelder på tross av bestemmelsene i første ledd. For selskaper som eier kraftverk i andre kommuner enn kontorkommunen, blir naturressursskatt skrevet ut som en særskilt forhåndsskatt som skal betales til kommunen hvor kraftverket ligger.