Bestemmelsens annet ledd fastslår at den som ikke har etterkommet pålegg om bokføring etter § 5‑13a innen fristen, kan ilegges en daglig løpende tvangsmulkt fram til utbedring skjer. Manglende oppfyllelse av bokføringspålegget fører ikke automatisk til ileggelse av tvangsmulkt, selv om det ble varslet om dette da pålegget ble gitt. Tvangsmulkten må ilegges ved et eget vedtak. Hovedregelen vil være at skattekontoret fatter vedtak om tvangsmulkt dersom den bokføringspliktige ikke innen fristen har dokumentert at manglene er rettet. Det samme gjelder når den bokføringspliktige ikke har besvart pålegget, eller det på andre måter er klart at den bokføringspliktige ikke har foretatt retting i tråd med pålegget.

I motsetning til tvangsmulkt etter første ledd, er størrelsen på mulkten etter annet ledd nærmere regulert. Utgangspunktet er at mulkten skal utgjøre ett rettsgebyr per dag, og følger den til enhver tid gjeldende satsen for rettsgebyr, jf. rettsgebyrforskriften § 2‑1, jf. rettsgebyrloven § 1. Tvangsmulkten kan også settes betydelig høyere, begrenset oppad til 10 rettsgebyr per dag. Det er også satt en øvre grense på en million kroner. Departementet uttaler i forarbeidene at det er viktig at tvangsmulkten har en viss størrelse for å oppnå den ønskede effekt. Den forpliktede kan unngå mulkt ved å innrette seg etter pålegget. Det ble fastsatt standardiserte satser for å få effektiv behandling, siden tvangsmulkten ikke skal være en individuelt tilpasset sanksjon for begåtte lovovertredelser.

Skattedirektoratet har gitt retningslinjer om pålegg om bokføring og ileggelse av betinget tvangsmulkt ved overtredelse av bokføringslovgivningen. Retningslinjene er gitt i SKD-melding nr. 10/08, av 13. juli 2008.