Tredje ledd er en særregel for innenlands merverdiavgift som sier noe om hvilket tidspunkt renter etter § 11‑4 skal beregnes fra for merverdiavgift som skal utbetales etter et endringsvedtak eller en egenretting i de tilfellene det tidligere ikke har vært innbetalt et avgiftsbeløp for terminen. Regelen kom inn ved endringslov av 14. desember 2007 nr. 110 og er kommentert i Ot.prp. nr. 1 (2007–2008) pkt. 33.7.1.2. Dette er aktuelt når det f.eks. treffes et vedtak som reduserer merverdiavgiften slik at det blir et tilgodebeløp, eksempelvis at en mva-melding om nulloppgjør endres til kr 20 000 til gode. Det skal da ytes renter etter § 11‑4 på det beløpet som skal utbetales i henhold til endringsvedtaket eller egenrettingen. Rentegodtgjørelsen skal ytes fra tre uker etter leveringsfristen for terminen. Se 10-30.3 og 10-30.4 for beskrivelse av leveringsfristene. Da hovedregelen for rente etter § 11‑4 første ledd bestemmer at starttidspunktet for renteberegningen er tidspunktet da betaling fant sted, har det vært behov for en særregel for de tilfellene hvor det ikke tidligere er innbetalt et avgiftsbeløp for terminen. Tredje ledd har ingen særregler for sluttidspunktet for renteberegningen, så her vil hovedregelen i første ledd komme til anvendelse. Det innebærer at renten skal løpe til forfallstidspunktet for tilgodebeløpet i § 10‑60.