Toll, særavgifter og merverdiavgift som oppstår ved innførsel ble tidligere krevd inn av Tolletaten. Den 1. januar 2016 overtok Skatteetaten ansvaret for innkrevingen av alle disse kravene. Fra samme tidspunkt overtok Skatteetaten også ansvaret for fastsettingen av særavgifter for registrerte særavgiftspliktige. Ansvaret for fastsettingen av særavgifter for uregistrerte særavgiftspliktige og innførselsmerverdiavgift ble overført til Skatteetaten 1. januar 2017.

Som følge av at Skatteetaten overtok ansvaret for innkrevingen ble det også presisert i loven at oppgaven med innkrevingen av slike krav skal utføres av skattekontoret.

Innenlands særavgifter betales av registrerte særavgiftspliktige virksomheter. Registreringspliktig er bl.a. produsenter av særavgiftspliktige varer, jf. særavgiftsforskriften § 5‑1. Virksomheter som importerer særavgiftspliktige varer samt noen andre virksomheter, kan også registreres som særavgiftspliktig virksomhet etter søknad, jf. særavgiftsforskriften § 5‑2.

Tollavgift og andre avgifter som oppstår ved innførsel av varer kan betales over tollkreditt for virksomheter eller som dagsoppgjør for speditører.

Etter § 2‑1 annet ledd kan departementet i forskrift bestemme at Tolletaten skal innkreve nærmere bestemte krav. Slike bestemmelser er gitt i skattebetalingsforskriften § 2‑1.

I skattebetalingsforskriften § 2‑1 fremgår det at Tolletaten er innkrevingsmyndighet for omkostninger og gebyr fastsatt i medhold av tollavgiftsloven og vareførselsloven. Blir ikke disse kravene betalt til forfall, er det likevel skattekontoret som tvangsinnfordrer kravene. Når det gjelder overtredelsesgebyr etter tollavgiftsloven § 12‑2 og vareførselsloven § 12‑2 så er skattekontoret innkrevingsmyndighet og håndterer hele innkrevingsprosessen.

Ved lovendringen i 2020 ble tidligere § 2‑2 andre ledd første punktum – hjemmelen for departementets adgang til å gi regler om at skatte- og avgiftskrav skal betales til andre enn skattekontoret – flyttet til kapittel 9, da bestemmelsen om hvem som skal være betalingsmottaker hørte tematisk bedre hjemme sammen med bestemmelsene om betaling, jf. Prop. 1 LS (2019–2020) s. 20. Det følger nå av skattebetalingsforskriften 9‑1‑2 første ledd første punktum at betaling av tollavgift og andre avgifter som oppstår ved innførsel, og som ikke belastes tollkreditten eller dagsoppgjørsordningen, skal betales til Tolletaten. Dette gjelder typisk privatpersoner som fortoller varer på grensen. Tolletaten mottar i disse tilfellene pengene «på vegne av Skatteetaten». Pengene som innkreves skal overføres til regnskapet i Skatteetaten. Det følger av bestemmelsen annet punktum at betaling av dagsoppgjør kan skje til Tolletaten. Dette skjer kun unntaksvis. Det vanlige er at betaling skjer direkte til Skatteetaten. Pengene som innkreves av Tolletaten må også i disse tilfellene overføres til Skatteetatens regnskap.