Bestemmelsene om motregning i lovens kap. 13 gir ikke en uttømmende regulering av motregningsadgangen for skatte- og avgiftskrav. Motregning etter de ulovfestede regler om motregning kan fortsatt foretas, dersom vilkårene for dette er oppfylt. Eksempelvis vil skyldig merverdiavgift kunne motregnes i krav den avgiftspliktige har mot staten og som ikke er et skatte- eller avgiftskrav etter loven, blant annet direkte tilskudd, som består av produksjonstilskudd i jordbruket og regionalt miljøprogram (RMP), utbetalt av Landbruksdirektoratet. Et annet eksempel på ulovfestet motregning er motregning i refusjon av vrakpant. Av hensyn til vrakpantordningens miljøformål, vil motregningsretten normalt begrense seg til krav på års- og vektårsavgift. Dersom motregning kan skje både etter loven og etter de ulovfestede regler bør imidlertid motregningen hjemles i, og gjennomføres etter lovens kap. 13.

For motregning som gjennomføres etter de ulovfestede regler vil ikke bestemmelsen i § 13‑5 om klageadgang til tingretten etter reglene i tvangsfullbyrdelsesloven § 5‑16 gjelde. Paragraf 13-5 regulerer kun motregning etter § 13‑1. Gjennomføring av motregning på ulovfestet grunnlag anses ikke som et enkeltvedtak etter forvaltningsloven. Motregningen kan dermed heller ikke påklages etter forvaltningslovens regler under henvisning til bestemmelsen i § 3‑1 første ledd som bestemmer at «forvaltningsloven gjelder med de særlige bestemmelser som er gitt i denne loven.» Ulovfestet motregning må derfor eventuelt angripes ved søksmål.