Ved inntreden i rederiskatteordningen skal det foretas et inntektsoppgjør for selskapet, se sktl. § 8‑14 tredje ledd. Under rederiskatteordningen er driftsinntektene endelig skattefrie. Ubeskattet inntekt og latente gevinster på eiendeler mv. tilknyttet den skattefrie virksomheten skal derfor skattlegges ved inntreden.

Inntektsoppgjøret gjennomføres på ordinær måte ved at inngangsverdien trekkes fra utgangsverdien. En ev. gevinst kan føres på gevinst- og tapskonto, jf. sktl. § 8‑14 syvende ledd.