Påberoper skattyter seg at en norsk skatteregel er i strid med EØS-retten og motstridsspørsmålet ikke er avklart gjennom rettskraftig dom eller uttalelse fra Finansdepartementet eller Skattedirektoratet, skal den norske skatteregelen i utgangspunktet legges til grunn. Saken skal forelegges Skattedirektoratet, som avgjør spørsmålet i samråd med Finansdepartementet, dersom EØS-anførslene ikke er åpenbart ubegrunnede. Se FIN 30. mars 2006 i Utv. 2006/754.

EØS-avtalens bestemmelser om fri bevegelse av personer, kapital, tjenester og varer (de såkalte fire friheter) får betydning for nasjonal skattlegging av personer og selskap innenfor EØS-området. Bestemmelsene innebærer et forbud mot nasjonale skatteregler som innebærer en ugunstigere behandling av en grenseoverskridende situasjon enn av en sammenlignbar internrettslig situasjon.

Som utgangspunkt er bosatte personer eller selskaper som er hjemmehørende i Norge ikke i en sammenlignbar posisjon med personer eller selskaper med begrenset skatteplikt til Norge. Personer eller selskaper med begrenset skatteplikt kan likevel være i en sammenlignbar situasjon med bosatte personer og hjemmehørende selskaper dersom formålet med den interne skatteregelen gjør seg gjeldende på samme måte for de som er bosatt/hjemmehørende og de som er begrenset skattepliktige til Norge.

Hvis kravet til sammenlignbarhet er oppfylt, vil det i utgangspunktet foreligge en forbudt restriksjon eller forskjellsbehandling etter EØS-avtalen dersom den grenseoverskridende situasjonen behandles mindre gunstig enn et rent internrettslig forhold. I noen tilfeller kan interne skatteregler som innebærer forskjellsbehandling eller restriksjoner likevel være tillatt etter EØS-avtalen. EØS-avtalen har regler som gjør unntak hvor de er begrunnet i hensynet til den offentlige orden, sikkerhet og folkehelsen, se art. 28(3), art. 33 og art. 39. Videre har EU/EFTA-domstolen utviklet en praksis om at en regel som innebærer en forskjellsbehandling eller restriksjon, kan aksepteres hvis regelen er begrunnet i tvingende allmenne hensyn. Det er i tillegg et krav om at regelen er egnet til å oppnå det legitime formålet, og ikke går ut over det som er nødvendig for å nå målet (forholdsmessighetsprinsippet).