Det følger av § 1‑3 at forvaltningsloven ikke gjelder for behandlingen av saker etter loven. Det er likevel klart at man ved anvendelsen av loven kan legge både prinsipper som kommer til uttrykk i forvaltningsloven og alminnelige forvaltningsrettslige prinsipper til grunn. I§ 12‑11 fjerde ledd, som gjelder myndighetenes endringsadgang, vises det også til alminnelige forvaltningsrettslige regler.

Formålet med forvaltningsregler er å legge til rette for en betryggende saksbehandling som sikrer materielt riktige avgjørelser og sikrer den enkeltes rettssikkerhet. Dette må også ses i sammenheng med universelle menneskerettigheter. Prinsippet er nedfelt både i Grunnloven §§ 2 og 92, og i EMK art. 6 om retten til rettferdig rettergang. Formålet er å sikre forutberegnelighet gjennom forståelige materielle regler og regler om forhåndsvarsling og kontradiksjon. Effektiv og forsvarlig saksbehandling skal også sikres gjennom regler om saksbehandlingstid, veiledning, innsyn og begrunnede avgjørelser. Regler om habilitet skal sørge for upartisk, uhildet saksbehandling, at det ikke tas utenforliggende hensyn og sikre tilliten til forvaltningen. Regler om taushetsplikt må ses i sammenheng med at borgerne har en omfattende opplysningsplikt. Alle krav som stilles må veies opp mot hverandre. Kravene til rask og effektiv saksbehandling vil for eksempel lett kunne komme i konflikt med kravene til grundig og forsvarlig saksbehandling. Forvaltningsreglene sier stort sett ingenting om hvilke av flere motstridende hensyn som skal veie tyngst.

I forvaltningsretten skilles det mellom alminnelig og spesiell forvaltningsrett. Forvaltningsloven er en del av den alminnelige forvaltningsretten, mens skatteforvaltningsloven er en del av den spesielle forvaltningsretten. En viktig forskjell mellom forvaltningsloven og skatteforvaltningsloven er hvem som har hovedansvaret for sakens opplysning. Etter forvaltningsloven har forvaltningen i større grad en veilednings- og utredningsplikt enn det skattemyndighetene har etter skatteforvaltningsloven. Det følger av forvaltningsloven at forvaltningsorganet skal påse at saken er så godt opplyst som mulig før vedtak treffes. Skatteforvaltningsloven bygger derimot primært på et egenfastsettingsprinsipp. Den skattepliktige fastsetter grunnlaget for skatten selv, eller skattemyndighetene bygger på skattepliktiges egne opplysninger når de fatter vedtak. Begrunnelsen er at det er de skattepliktige som kjenner sine egne forhold best. Antallet saker på skatteområdet er svært høyt, slik at en utredningsplikt for skattemyndigheten i praksis ikke ville latt seg gjennomføre.

Etter forvaltningsloven behandles klager av overordnet forvaltningsorgan, mens det er nemnder som er klageinstans ved fastsetting av formues- og inntektsskatt og merverdiavgift.

Videre er det strengere regler om taushetsplikt på skatteområdet enn etter forvaltningsloven. Ettersom opplysningsplikten i skattesaker er omfattende, er det svært viktig at den opplysningspliktige kan stole på at opplysningene ikke kommer på avveie.

Det er også strengere regler om habilitet. Bruk av skjønn ved fastsetting av skattegrunnlag, endringsbestemmelsene og sanksjonsbestemmelsene er også særbestemmelser i skatteforvaltningsloven.

Det at avgjørelser krever hjemmel i lov, omtales som legalitetsprinsippet. Dette er lovfestet i Grunnloven § 113. Hjemmelsgrunnlaget sikrer at det foreligger et grunnlag for Skatteetatens myndighetsutøvelse. Inngrep i private forhold forutsetter hjemmel i lov. Det samme gjelder bruk av fysisk makt og tvangsmidler. Det kreves for eksempel hjemmel i lov for å pålegge private parter plikter som ikke kan bygges på avtale. Forvaltningen må derfor ha hjemmel i lov for å pålegge skattepliktige å legge frem opplysninger. Hvorvidt det foreligger tilstrekkelig hjemmel, må avklares gjennom en tolking av den enkelte bestemmelse. Ved tolkingen må man anvende den alminnelig rettsskildelæren.

Mens forvaltningsretten beskriver hvordan saksbehandlingen skal foregå, er det i den materielle lovgivningen vi finner hva forvaltningen kan bestemme. Både skatteloven, merverdiavgiftsloven og særavgiftsloven er eksempler på materiell lovgivning. Forvaltningen må alltid ha et rettslig grunnlag for å kunne fatte avgjørelser. Når det gjelder selve organiseringen av forvaltningen finnes ofte hjemmelen i den generelle organisasjons- og instruksjonsmyndigheten som et overordnet organ har overfor underordnede organer, jf. Grunnloven § 3, som bestemmer at den utøvende makt tilligger Kongen. Privat autonomi er et annet grunnlag som forvaltningsorganer kan påberope seg. Dette vil f.eks. gjelde rådigheten over eiendom og kompetansen til å inngå avtaler. Et eksempel på utøvelse av slik rådighet er i tilfeller hvor skattepliktige reiser erstatningskrav mot Skatteetaten på erstatningsrettslig grunnlag, jf. skadeserstatningsloven § 2‑1. I disse sakene opptrer Skatteetaten som en hvilken som helst privat part, og kan dermed nekte erstatning uten å følge saksbehandlingsreglene i skatteforvaltningsloven.

Forsvarlig saksbehandling sikres gjennom regler om foreløpig svar, taushetsplikt, habilitet, partsinnsyn, forhåndsvarsling, forutberegnelighet, veiledningsplikt, krav til begrunnelser, omgjøringsregler og klageregler. I tillegg kommer interne retningslinjer og rutiner som også skal ivareta disse kravene. Formålet med reglene er at det skal treffes materielt riktige avgjørelser og reglene skal sikre tilliten til forvaltningen. Imidlertid finnes ikke alle kravene som stilles til forsvarlig saksbehandling i forvaltningslovene. Det stilles også strenge krav til likebehandling, at det ikke tas utenforliggende hensyn og at det ikke fattes vilkårlige avgjørelser.

Med likebehandling menes at like tilfeller skal behandles likt. Prinsippet er nedfelt i Grunnloven § 98. De fleste saksbehandlingsreglene støtter opp under dette formålet, uten at prinsippet er uttrykt eksplisitt i en lovbestemmelse. Spesielt klagereglene og reglene om omgjøring av eget tiltak står sentralt her. I tillegg vil domstolenes kontroll med forvaltningen være en viktig garantist for dette formålet. Det samme gjelder Sivilombudets kontroll med forvaltningen. Det er viktig å skille mellom saklig- og usaklig forskjellsbehandling. Det er den usaklige forskjellsbehandlingen som skal unngås. Saklig forskjellsbehandling, for eksempel at det treffes ulik avgjørelse i to tilsynelatende like klagesaker fordi faktum ikke er helt likt, er tillatt. Det samme kan være tilfellet dersom fristene for endring er oversittet for skattepliktig A, men ikke for skattepliktig B. Da vil skattemyndigheten kunne endre hos B uten at han kan få medhold i at dette er usaklig forskjellsbehandling. Skatteetatens kontroll av enkelte skattepliktige, men ikke alle, er heller ikke usaklig forskjellsbehandling.

Med forbudet mot å ta utenforliggende hensyn menes at en avgjørelse må bygge på saklige og relevante hensyn. Noen ganger fremgår det av en lovbestemmelse hvilke hensyn som skal tillegges vekt. Se for eksempel§ 12‑1 annet ledd, hvor de viktigste hensynene ved vurderingen om en sak skal tas opp til endring fremgår direkte av lovteksten. Når hensynene ikke går klart frem av loven, vil lovens eller bestemmelsens formål kunne gi svar på hvilke hensyn som er saklige og relevante. Det vil som hovedregel alltid være forbudt å legge vekt på personlige kjennetegn ved en part, f.eks. kjønn, etnisitet, politisk syn, organisasjonsmedlemsskap o.l.

Det gjelder et generelt forbud mot vilkårlig og urimelig myndighetsutøvelse. Tilfeldige avgjørelser kan ikke godtas. Dersom forvaltningen verken har utøvd skjønn eller lagt en rettsregel til grunn for sitt vedtak, kan avgjørelsen være ugyldig. Det er sjelden at domstolene opphever vedtak på dette grunnlaget alene, men det kombineres ofte med brudd på andre hensyn eller regler.

Avgjørelser må dessuten basere seg på korrekte fakta. Når skattemyndighetene kan fastsette det faktiske grunnlaget ved skjønn, skal skjønnet settes til det som fremstår som riktig ut fra opplysningene i saken. Regler om innsyn, krav til dokumentasjon og kontradiksjon skal bidra til å sikre et korrekt beslutningsgrunnlag.