Når det gjelder tilleggsskatt og overtredelsesgebyr vil reglene i §§ 14‑3 til 14-7 få virkning for saker hvor opplysningssvikten er begått etter lovens ikrafttredelse 1.1.2017. I saker hvor opplysningssvikten er begått før 1.1.2017 men hvor vedtak om tilleggsskatt eller overtredelsesgebyr fattes etter 1.1.2017, skal det mildeste regelsett anvendes. Dette innebærer blant annet at det er satsene i skatteforvaltningsloven § 14‑5 som legges til grunn, ikke satsene etter ligningsloven. Overgangsreglene innebærer at det ikke skal ilegges tilleggsskatt på beløp som uriktig er betegnet som merverdiavgift og som ikke var oppgitt i omsetningsoppgaven i perioden fram til og med 5. termin 2016. Overgangsreglene får ikke betydning for endringsfristene i tilleggsskattesaker ettersom disse ikke er en del av sanksjonsreglene.

I Prop.130 LS (2016-2017) står det at : «Føresegna gjev overgangsreglar og regulerer mellom anna kva tilleggsskattereglar som skal nyttast når eit lovbrot har skjedd før skatteforvaltningsloven tok til å gjelde. Etter andre ledd får reglane om tilleggsskatt og lovbrotsgebyr i skatteforvaltningsloven §§ 14‑3 til 14-7 verknad for saker som vart tekne opp med varsel om tilleggsskatt eller lovbrotsgebyr etter at lova tok til å gjelde 1. januar 2017. For saker med varsel før lova tok til å gjelde, gjeld derimot dei tidlegare reglane i ligningsloven og merverdiavgiftsloven.

Den europeiske menneskerettskonvensjon (EMK) artikkel 7 nr. 1 har fylgjande ordlyd: «Ingen skal bli funnet skyldig i en straffbar handling på grunn av noen gjerning eller unnlatelse som ikke utgjorde en straffbar handling etter nasjonal eller internasjonal rett på den tid da den ble begått. Heller ikke skal en strengere straff bli idømt enn den som gjaldt på den tid da den straffbare handling ble begått.»

Den europeiske menneskerettsdomstol (EMD) har i saka Scoppola mot Italia frå 2009 innfortolka eit krav i andre punktum om at mildare straffereglar, som er vedtekne og har teke til å gjelde etter at lovbrotet fann stad, skal brukast, jf. også Høgsterett sin omtale i dom 20. september 2016. Departementet foreslår på denne bakgrunn endringar i overgangsreglane slik at dei vert meir i samsvar med EMK. Framlegget inneber at skattestyresmaktene, i saker der lovbrotet fann stad før 1. januar 2017, men saka vert behandla etter dette tidspunktet, skal nytte dei mildaste tilleggsskattereglane (det vil seie uavhengig av når varsel om tilleggsskatt vert sendt).»