Tjenestemannen plikter selv å avgjøre om hen er inhabil. I de tilfellene tjenestemannen finner grunn til det, skal spørsmålet om inhabilitet bli forelagt nærmeste overordnede. Selv om den skattepliktige ikke har bedt om en vurdering av tjenestemannens habilitet, bør spørsmålet legges frem for nærmeste overordnede dersom hen mener at det kan være tvil om dette. En slik avklaring kan bidra til at man unngår at det blir stilt spørsmål ved gyldigheten av avgjørelsen. Hvis den saken angår krever det, skal det samme gjøres dersom dette kan skje uten vesentlig tidsspille. Overordnet tjenestemann kan instruere underordnet i habilitetsspørsmål.

Ved uenighet kan overordnet tjenestemann instruere underordnet, selv om ordlyden i bestemmelsen kan tilsi det motsatte. Dette følger av alminnelig instruksjonsmyndighet og at ingen som vurderes som inhabil skal delta i saken ved «tilrettelegging av grunnlaget» eller ved «avgjørelse» etter lovens § 4‑1 Habilitet.

En avgjørelse av hvorvidt en tjenestemann er inhabil er en prosessledende beslutning, ikke et enkeltvedtak. Dette innebærer at ikke alle saksbehandlingsreglene i kapittel 5 kommer til anvendelse. Bestemmelsene i § 5‑6 Forhåndsvarsling, § 5‑7 Begrunnelse og reglene i Kapittel 13 Klage, gjelder for eksempel ikke.