Bestemmelsen angir at skattekontoret og Oljeskattekontoret er skattemyndigheter i første instans. Tilsvarende bestemmelser fulgte tidligere av ligningsloven § 2‑1 første punktum og merverdiavgiftsloven § 12‑1 første ledd.

Dette innebærer at det er skattekontoret og Oljeskattekontoret som i første omgang endrer skattepliktiges egenfastsetting eller foretar skjønnsfastsettinger og beregner skatten. Førsteinstansen treffer også andre typer enkeltvedtak enn skattefastsettingsvedtak og prosessledende avgjørelser.

Skattedirektoratet, Skatteklagenemnda, sekretariatet og de øvrige klagenemndene har som hovedregel ikke kompetanse til å treffe vedtak i første instans. Når myndigheten etter bestemmelsen er lagt til skattekontoret og Oljeskattekontoret i første instans, vil avvik fra dette utgangspunktet fremgå av lovens øvrige bestemmelser. Se som eksempel§ 5‑9 Sakskostnader, hvor spørsmålet om dekning av sakskostnader skal avgjøres av den myndighet som endrer vedtaket. Dersom Skattedirektoratet gir medhold i en klagesak om f.eks. særavgifter, er det Skattedirektoratet som behandler et eventuelt krav om sakskostnader i første instans.

Som overordnet myndighet har Skattedirektoratet organisasjons- og instruksjonsmyndighet over skattekontorene. Instruksjonsmyndigheten innebærer at det blant annet kan gis instrukser om saksbehandling og lovtolkning og generelle retningslinjer om hvilke hensyn som skal tillegges vekt ved saksbehandlingen. Dette gjelder både generelt og i enkeltsaker. Skattedirektoratets instruksjonsmyndighet gjelder ikke bare når skattekontorets kompetanse er hjemlet i delegasjon fra direktoratet, men også når skattekontorets kompetanse følger direkte av lov eller forskrift. For eksempel har Skattedirektoratet instruksjonsmyndighet også når skatteforvaltningsloven § 2‑7 bestemmer at «Skattekontoret og Oljeskattekontoret er skattemyndighet i første instans». Skattedirektoratet kan derimot ikke tre inn som vedtaksmyndighet. Det er skattekontoret som må fatte eventuelle vedtak i første instans.

Skattedirektoratet er skattemyndighet for alminnelig skatt jf. § 2‑1, men ikke for petroleumsskatt, jf. § 2‑2. Skattedirektoratet har derfor ikke instruksjonsmyndighet for fastsetting etter petroleumsskatteloven.

Skattedirektoratet har ingen instruksjonsmyndighet over Skatteklagenemnda, sekretariatet eller de øvrige skatteklagenemndene.

Sekretariatet for Skatteklagenemnda er å anse som skattemyndighet, men har ikke kompetanse til å treffe vedtak om fastsetting. Se mer om dette i§ 13‑3 annet ledd.

Finansdepartementet er overordnet myndighet for skattemyndighetene (Skatteetaten). Som overordnet myndighet er det Finansdepartementet som er klageinstans i saker som avgjøres av Skattedirektoratet i første instans.