Utgående merverdiavgift inngår ikke i utgangsverdien. Har en skattepliktig opprinnelig unnlatt å beregne pliktig merverdiavgift eller er merverdiavgift beregnet med for lavt beløp, kan merverdiavgiftsgrunnlaget bli endret, enten ved endring av egenfastsettingen etter sktfvl. § 9-4 eller ved endring av skattemyndighetene etter sktfvl. § 12-1. Har den skattepliktige rett til å etterfakturere kjøperen for avgiftsbeløpet, får dette ikke konsekvenser for utgangsverdien. I slike tilfeller er utgangspunktet at merverdiavgiften beregnes av hele det faktiske vederlaget (nettometoden), Hvis kunden derimot ikke kan etterfaktureres for merverdiavgiften slik at den skattepliktige selv blir belastet for merverdiavgiftsbeløpet, vil det ved avgiftsberegningen normalt bli lagt til grunn at merverdiavgiften er inkludert i salgsbeløpet (bruttometoden). Utgangsverdien må da reduseres tilsvarende, enten av den skattepliktige ved endring av egenfastsettingen etter sktfvl. § 9-4 eller av skattemyndighetene etter sktfvl. § 12-1. Er fristene for å endre fastsettingen for salgsåret utløpt, må skattlagt beløp som ikke er skattepliktig, fradragsføres i det året det treffes vedtak om endring av merverdiavgiftsgrunnlaget.

Om endring av inngangsverdien hvor grunnlaget for inngående merverdiavgift endres, se emnet «Inngangsverdi», pkt. 2.1.2.

Har merverdiavgift blitt etterberegnet på grunnlag av brutto salgsbeløp (nettometoden) uten at den skattepliktige har mulighet for å etterfakturere kunden for merverdiavgiften, vil merverdiavgiften utgjøre en kostnad for den skattepliktige. Kostnaden er fradragsberettiget etter sktl. § 6-15 for det år etterberegningen skjer, jf. sktl. § 14-2 annet ledd.

Er det beregnet merverdiavgift av en omsetning som ikke er merverdiavgiftspliktig og feilen korrigeres, også overfor kunden (jf. skatteforvaltningsforskriften § 9-4-2), får korrigeringen ingen skattemessige konsekvenser. Utgangsverdien vil uavhengig av korrigeringen utgjøre salgssummen uten merverdiavgift. Unntaksvis kan merverdiavgift i slike tilfeller bli korrigert uten at feilen også korrigeres overfor kunden. Den opprinnelig utgangsverdien vil i et slikt tilfelle være for lav. Inntektsfastsettingen må da endres, ved endring av egenfastsettingen etter sktfvl. § 9-4 eller ved endring av skattemyndighetene etter sktfvl. § 12-1. Er fristene for å foreta endring for salgsåret utløpt, må inntektsgrunnlaget økes for det år det treffes vedtak om endring av merverdiavgiftsgrunnlaget.