I medhold av EØS-avtalen art. 108 er det opprettet et eget overvåkningsorgan EFTA Surveillance Authority (ESA) og en egen domstol (EFTA-domstolen). Opprettelsen er hjemlet i ODA-avtalen (Avtale mellom EFTA-statene om opprettelsen av et Overvåkningsorgan og en Domstol) art. 27 til art. 41.

Hovedoppgaven til ESA er å kontrollere og sørge for at de regler og plikter som følger av EØS-avtalen overholdes av EFTA-statene. Dette inkluderer både gjennomføring og implementering av EU-retten i EFTA-statenes nasjonale rett og en løpende kontroll med hvordan EØS-retten faktisk etterleves. Dersom ESA finner at en medlemsstat ikke etterlever sine forpliktelser etter EØS-avtalen, kan ESA gripe inn, og eventuelt bringe saken inn til behandling i EFTA-domstolen. Kontrollen kan være på eget initiativ eller etter klage fra personer eller selskap som mener seg skadelidt som følge av manglende implementering av EØS-retten. Saksbehandlingen hos ESA foregår i flere trinn. Normalt vil ESA i saker om de fire friheter, først uformelt tilskrive de nasjonale myndigheter for ytterligere informasjon, slik at saken kan vurderes. Dersom saken ikke løser seg på bakgrunn av de nasjonale myndigheters redegjørelse og eventuelle tilpasning av reglene eller praksisen, starter ESA en mer formell prosedyre med et åpningsbrev ("letter of formal notice"), for deretter å avgi en grunngitt uttalelse ("reasoned opinion") hvis man ikke i mellomtiden lykkes å overbevise ESA om at reglene er i samsvar med EØS-avtalen. Dersom nasjonale myndigheter etter en grunngitt uttalelse ikke retter seg etter de pålegg ESA kommer med, vil neste steg være traktatbruddsøksmål for EFTA-domstolen, jf. ODA art 31. EFTA-domstolen har ansvaret for å avgjøre saksanlegg fra ESA mot medlemsstatene om feilaktig eller manglende gjennomføring av de rettslige forpliktelser som følger av EØS-avtalen, tvister mellom medlemsstatene, samt ankesaker vedrørende avgjørelser truffet av ESA. Prosessen er hovedsakelig skriftlig, men med en dag for muntlig presentasjon av saken. EFTA-domstolen kan i tillegg gi rådgivende uttalelser til nasjonale domstoler når det gjelder fortolkning av EØS-avtalen.