Når gevinsten dels er skattepliktig og dels skattefri etter reglene om bolig/fritidsbolig, må det foretas en skjønnsmessig fordeling av salgssummen. Er det forskjellige deler eller seksjoner i en bygning, fordeles vederlaget etter utleieverdier. Dette kan f.eks. gjelde egen boligdel i avskrivbart bygg. Er det for stort grunnareal (mer enn naturlig arrondert tomt) og/eller flere frittstående bygninger uten tjenende funksjon til hovedbygning, fordeles salgssummen forholdsmessig etter omsetningsverdiene. Partenes fordeling av salgssummen er veiledende, men ikke bindende for skattemyndighetene.

Tilsvarende fordeling kan være aktuelt hvor en del av vederlaget knytter seg til rettigheter som knytter seg til eiendommen og som ikke anses som en del av boligen eller fritidsboligen. Dette kan f.eks. være jakt- og fiskerettigheter som utøves på den del av eiendommen som ikke anses som en naturlig arrondert tomt. Hvis bygningene er en forutsetning for utøvelse av slike rettighetene og verdien av bygningene er påvirket av muligheten til å utnytte rettighetene, må det ved fordelingen av vederlaget tas hensyn til hvilken betydning bygningene har for verdien av rettighetene, se f.eks. LRD (Agder) 26. januar 2009 i Utv. 2009/258 og avgjørelse fra Skatteklagenemnda (stor avdeling) 01 NS 6/2021.