For kostnader som oppfyller de tre vilkårene som er omtalt under pkt. 5 må det vurderes om kostnadene skal anses som direkte eller indirekte kostnader i Skattefunn-prosjektet. Dersom kostnadene anses som direkte kostnader inngår de som utgangspunkt i fradragsgrunnlaget på vanlig måte. Unntak gjelder personalkostnader og indirekte kostnader som skal behandles etter en sjablongregel, se pkt. 6.2.

Kostnader som anses som indirekte for Skattefunn-prosjektet skal ikke inngå direkte i fradragsgrunnlaget. I stedet skal de indirekte kostnadene inngå i fradragsgrunnlaget via den samme sjablongregelen som benyttes for personalkostnadene. De indirekte kostnadene blir dermed ikke synlige i beregningsgrunnlaget for Skattefunn-støtte. Sjablongregelen er omtalt i pkt. 6.2.