Instituttet må selv søke skatteetaten om forhåndsgodkjenning. En søknad skal inneholde instituttets vedtekter. Hvis det ikke fremgår av disse at et departement (eventuelt Regjeringen eller Stortinget) er gitt adgang til å oppnevne en representant til instituttets styre, må det dokumenteres hvordan staten medvirker og hvordan denne medvirkningen sikrer at staten har tilstrekkelig kontroll med bruken av midlene. Vedtektene må bestemme at overskytende midler ved en eventuell oppløsning skal anvendes i overensstemmelse med instituttets formål. Videre bør det redegjøres for instituttets aktivitet og for øvrig på hvilket grunnlag vilkårene i § 6-42 anses oppfylt.

Skattekontoret behandler søknaden. Kommer skattekontoret til at vilkårene er oppfylt, vil organisasjonen bli ført opp på listen over godkjente organisasjoner på skatteetaten.no. Har skattekontoret kommet til at ett eller flere av vilkårene for godkjennelse ikke er oppfylt, vil instituttet motta en begrunnet uttalelse om dette. Er ikke instituttet enig i skattekontorets vurdering, kan det forelegge saken for Skattedirektoratet.

Oversikt over institutter registrert som godkjent finnes på https://www.skatteetaten.no/bedrift-og-organisasjon/skatt/skattemelding-naringsdrivende/fradrag/tilskudd-til-vitenskapelig-forskning-og-yrkesopplaring/liste-over-godkjente-institutt/